主题：【讨论】今天听了一个会，混了两顿饭，虽然不好吃。 -- 喜欢喝冰茶
家园 【讨论】今天听了一个会，混了两顿饭，虽然不好吃。 总得来说，一个biologist（一个成功的例子），一个statistician（一个某些近于基础性的研究），一个physician（一个涉及到很多伦理问题），一个programmer（一个正在发展的数据整合），外带一个journalist（一个拿自己做例子出书骗钱），很有趣。
看起来personal genome发展很快，价格已经接近大家可以容忍的范围，想想去年还过千，现在已经400了，明年很可能会降到1、2百，至少价格上大家可以接受。不过靠这玩意儿治疗或者药物研发，还是任重道远，但是做诊断倒是曙光已现了。
Consumer genotyping* 23andMe uses a customized Illumina chip for $399
* deCODEme uses the Illumina Human 1M for $985
* SeqWright uses the Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 for $998
* Gene Essence uses the Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 for $1195
* Navigenics uses the Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 for $2500
* Knome offers direct full genome sequencing for $350,000
* The Personal Genome Project aims to recruit 100,000 volunteers and publish their genomes and medical information
做股票的同学看看Affymetrix，Illumina，454，Abi，看看能做出个什么model？
23andme看来不错，Google这一脚插的有远见。某些人曾经的梦想看来要实现了，“你那ipod存什么？mp3？电影？哈哈，除了那些玩意儿，俺还存自己的基因”
不明白SNP的同学可以看看这个
[FLASH]http://www.youtube.com/v/kp0esidDr-c[/FLASH]
一个有趣的例子：
This snp (and perhaps its neighbors， Rs324650) may influence intelligence and alcohol dependence
注意看右边TT代表high IQ，HCB and JPT mean：
* HCB - Han Chinese - 45 unrelated Han Chinese in Beijing, China, representing one of the populations studied in the International HapMap project* JPT - Japanese Tokyo - 44 unrelated Japanese in Tokyo, Japan, representing one of the populations studied in the International HapMap project
有点儿歧视欧洲和非洲的土著哈。
走了走了，去参加婚礼去。
家园 呵呵，同行不少 俺们所有个项目就是和23 and me合作的，不过不是俺的。大家似乎都很感兴趣，改天了解一下来讨论讨论～～
- 复 呵呵，同行不少
家园 等候中 - 复 等候中
家园 23 and me 大概了解了一下，23 and me是一个网络平台，提供基因检测服务，主要是一些疾病相关的SNPs以及种族基因的检查（比如你的基因有一部分是来自非洲的哪个部落之类的～～）。对于疾病相关的SNPs，采用网络注册订购的方法。如果你对自己的基因感兴趣，可以在网上订购，然后，网站会收到一个收集唾液的Kit和使用说明。23 and me的合作实验室会进行DNA的提取，然后采用Illumina的基因芯片（550,000SNPs）和其自创的基因芯片(30,000SNPs）对样本进行检测。最后将检测结果反馈给个人。其实就是对某种疾病的易感性的检测，有些疾病会检测多个位点，有些疾病仅一个位点。至于是否真正发病，呵呵，这个比较复杂，大家都知道。
家园 那这篇新闻说的是什么啊 http://www.telegraph.co.uk/news/3392176/Scientists-decode-cancer-genes-for-the-first-time.html
测一个人的基因就要上百万美金吗，难道这就是专业版和普通版的区别
家园 genome level 不灵吧。。。 家园 目前看来是不灵 对于是否有必要做genome-wide，做sequencing的那帮人当然是支持的，就科研角度来说也值得做，但在实际应用上我现在还是持保留意见。毕竟多数的gene desert目前看来还是non-functional的，似乎没必要把大部分开销浪费在这些区域上。但只是抓exon和promoter也是不够的，很多重要的regulatory elements在enhancer或者microRNA上。所以现在研究的重点在于如何找到那些跟疾病有关的critical region, 而这些region可能只占genome的百分之一甚至千分之一。一旦找到这些区域，用PCR就可以把它们的DNA片段抓下来，再送去做sequencing开销就会低很多。
当然，如果sequencing的成本真的可以降到很低很低，做whole-genome也是可以的，反正机器闲着也是闲着，还可以去掉PCR的费用和amplification带来的副效应。到那时候，真的就是每个人的U盘里装着自己的DNA数据到处晃悠。
- 复 目前看来是不灵
家园 现在关于基因组水平的调控序列已经出了几篇文章了 但是是利用RNA转录酶复合体跟DNA交联，来得到序列的。
有几个实验室已经做得很不错了。
- 复 目前看来是不灵
家园 【参考】ENCODE project 你可以看看这个计划目前发表的数据。
可以说，整个genome都是可以转录的，因此不存在什么non-coding genomic sequences。多数transcribed RNAs都不编码蛋白质，但是对表达调控的贡献是不可轻视的，所以不可以轻率的说哪段序列是non-functional的。
另外，AFFY这些做芯片的公司不是未来最好选择，因为microarray技术已经差不多到头了，但是目前只能能够容纳的百万量级的SNP，只占到SNP总量的十分之一或更少。况且，还有通过新技术发现的天文数字量级的各种RNA需要被sequence，因此sequencing技术还是要回到舞台的中心。当然这里还有个风险，目前sequencing技术并未得到本质突破，因此要做到实现$100计划还很有难度。很难说什么时候就会有一种全新的high-throughput sequencing方法突然出现，那时目前这些生物科技公司股票就会缩水了。
家园 这个问题讨论开了就很大了 ENCODE去年在nature的那个报告我看过。谈到90%以上的genome被transcript覆盖，我认为是这样的：首先，transcription作为一个分子生物过程，本身是个随机问题。某种意义上讲，任何位置上都可能被转录，只是概率不同。早期transcriptome研究的技术灵敏度不够，找到的transcripts集中在高表达的编码基因附近；随着技术改进，越来越多的低表达的transcripts被找到。所以，大约三四年前，随着genome-wide array, PET的一些数据的出现，以及新的EST的不断积累，就有人假设整个genome都能被转录。这点被ENCODE的大量实验所证明。这里有个问题是，这些低表达的transcript有多少是functional的？目前的看法是，functional trancripts主要分几类: 1. protein-coding transcripts; 2. RNA with functional secondary structure; 3. miRNA. 根据ENCODE的分析，在non-coding region的那些transcripts,满足2和3的条件的不到10%。所以说，就目前的认识，在整个genome中functional的部分还是少数。当然如果你说整个genome都是functional的，也不是没有可能，但如果那样的话，对很多研究人员来说是很不幸的消息，因为大家都不知道如何着手。生物领域的东西很多都有争议，但不能因为有争议就不去做事了。就现在的认识，了解transcriptional regulation还是要从一些重要的genomic feature着手，比如promoter, enhancer, insulator, miRNA,等等。
家园 转录不是随机启动的， 是有确定的序列信号的。ENCODE之前给出TSS中噪声比较大，因此看上去像是随机的，但是后来有文章已经修订了。说来说去，还是CpG罢了。
现在的问题是，如果那些低表达RNA没有功能，那么为什么其中许多都是tissue/cell specific expressed的？另外，RNA的功能，过去认为主要直接参与基因表达，mRNA,rRNA,tRNA,miRNA,siRNA等等。不过现在也有guide RNA的提法，正符合了1960年代caltech的EH Davidson提出的模型。呵呵，很是巧合。同时，dsRNA还可也作为decoy来影响转录因子与DNA的结合（NRSF，Cell）。更妙的是，RNA或许会参与维持chromatin的动态结构（这个说法谁提的？我不记得了）。除此之外，很多RNP（RNA binding proteins）的功能也没有搞清楚，留下很多探索空间。
所以，我的看法跟你有些不同，我觉得目前人类对细胞的表达控制系统的理解还差的很远。究其原因就在于“数据不够”。通过一斑是无法窥全豹的，而目前我们连一斑都说不准有没有。所以还是要放开胸怀，先接受所有能想到的可能性，再逐一验明其本质。
家园 二位好像说的有些不同 一个在于in vivo的复杂机制，一个更强调in vitro的使用，虽然最终的目的一样，但是不可否认，现在的技术，无论是sequencing还是array都是in vitro的。这种DNA/RNA样本已经不再是in vivo的东西，差多大，不同的情况不好说。而且如果研究时间序列的话，麻烦更大。in vivo的机制是基础，但是想闹明白，正如柠檬籽儿老兄所说，太多的东西参与其中，估计10年之内没戏。但从应用的角度来讲，即使是部分个人基因组测定的普及，对于诊断和治疗还是有益的。其实制药工业里面很多药物在开发的时候，相关的生物机理并非很清楚，否则也不会有利品脱、伟哥这种无心插柳的东西问世了。生物这东西，再不搞点儿实用的，估计圈儿里圈儿外的人都要疯了。
以前接触过一种做unfolding的技术，其中一个应用就是DNA／RNA的unfolding，挺有意思的，有时间抛块儿砖头出来。
