主题：【讨论】今天听了一个会，混了两顿饭，虽然不好吃。 -- 喜欢喝冰茶

ENCODE去年在nature的那个报告我看过。谈到90%以上的genome被transcript覆盖，我认为是这样的：首先，transcription作为一个分子生物过程，本身是个随机问题。某种意义上讲，任何位置上都可能被转录，只是概率不同。早期transcriptome研究的技术灵敏度不够，找到的transcripts集中在高表达的编码基因附近；随着技术改进，越来越多的低表达的transcripts被找到。所以，大约三四年前，随着genome-wide array, PET的一些数据的出现，以及新的EST的不断积累，就有人假设整个genome都能被转录。这点被ENCODE的大量实验所证明。这里有个问题是，这些低表达的transcript有多少是functional的？目前的看法是，functional trancripts主要分几类: 1. protein-coding transcripts; 2. RNA with functional secondary structure; 3. miRNA. 根据ENCODE的分析，在non-coding region的那些transcripts,满足2和3的条件的不到10%。所以说，就目前的认识，在整个genome中functional的部分还是少数。当然如果你说整个genome都是functional的，也不是没有可能，但如果那样的话，对很多研究人员来说是很不幸的消息，因为大家都不知道如何着手。生物领域的东西很多都有争议，但不能因为有争议就不去做事了。就现在的认识，了解transcriptional regulation还是要从一些重要的genomic feature着手，比如promoter, enhancer, insulator, miRNA,等等。