主题：【讨论】今天听了一个会，混了两顿饭，虽然不好吃。 -- 喜欢喝冰茶

我是半路出家的，对生物缺少系统的学习，请多指教。

先说RNA。关于那些低表达RNA,我看过ENCODE的部分数据，就统计角度讲，并没有很显著的p-value显示它们是cell-specific的。况且因为ENCODE把工作分给不同的lab去做，不同cell-line的区别可能只反映了不同lab的protocol的差别。所以现在说它们是cell-specific还言之过早。guide RNA不清楚，惭愧。dsRNA是从病毒来得吧，不能算是从HS DNA转录来的（这又是个很有趣的话题，生物真奇妙）。miRNA可能参与histone modification，这个我也有印象，几年前的Cell或者Nature吧，可以查查。总而言之，目前的functional RNA主要是类似miRNA那样小于100bp的短链，要覆盖大部分genome貌似不太可能。而从ENCODE的数据看，多数intergenic region被一两条暴长的transcript覆盖，是不是技术本身带来的false positive呢？不得而知。

再说TSS的问题。其实我现在手头已经有一些whole-genome的TSS数据了（ENCODE去年发表的还是1%，whole-genome正在做）。如果把非常靠近的TSS(<100bp)cluster起来，不到5万个cluster。这已经是结合多个cell-line的结果了。