主题:【讨论】今天听了一个会,混了两顿饭,虽然不好吃。 -- 喜欢喝冰茶
先抱歉一下,之前说tissue specific没有说明数据来源。这个tissue specific expressed RNA不是基于ENCODE数据,而是EST数据。如果你在UCSC genome broswer上仔细看那些EST数据,就会发现很多EST表达的位置很specific。这主要是因为EST来源就是sampling specific tissues or cells。不过,综合看相同Locus上的EST,就会发现这些EST的分布比较集中于某些组织或者细胞系。因此,我们猜测这些EST是tissue specific表达的。可是它们的功能是什么?有没有编码protein?现在还很难说清楚,需要仔细研究。
dsRNA那个例子,不是病毒,而是细胞自身表达出来的,这些RNA双链在序列上模拟了转录因子NRSF的binding sites,因此阻碍了这个蛋白直接结合在DNA上。这个发现目前还是比较特殊的例子。但是说不定可以成为另一种类似RNAi的工具也未可知。
我很感兴趣的是你说的whole genome TSS clusters数据,是实验数据吗?还是prediction? 记得之前有马普的人跟我讲他们德国那边有人用tilling array做了whole genome TSS mapping,但是我一直都没有看到他们的数据。你说的是公开发表的dataset吗?
呵呵,很高兴能够和你交流。
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🙂二位好像说的有些不同 2 喜欢喝冰茶 字701 2008-11-06 08:34:15
🙂呵呵,我做生物学的一个主要目标, 1 柠檬籽儿 字367 2008-11-06 19:46:58
🙂很高兴跟你讨论 2 看文章 字919 2008-11-06 01:48:45
🙂大家都是探路者,不分先后 :)
🙂主要是自己的数据 看文章 字97 2008-11-13 02:57:19
🙂记的老兄说过 喜欢喝冰茶 字39 2008-11-06 08:31:10
🙂fold-change加p-value 看文章 字102 2008-11-13 03:04:06
🙂hehe, fold change might be 喜欢喝冰茶 字55 2008-11-13 05:27:07