主题：1月5日上海公共卫生临床中心谣言反转再反转 -- 海峰1
----懒得写了，文字拷贝自：铸剑，谢谢------------------
1月5日上海公共卫生临床中心上报的信息是：类sars病毒，呼吸道传播；建议采取相应防控措施，抗病毒治疗。前两点足以让人震惊了，上海方面自己的说法是“惊心动魄”。
这条微博，微博曾经判断为谣言。
三联的记者采访上海公共卫生临床中心党委书记，确认是真实的。
党委书记特别强调，自己盖了公章上报了，意思大概是我们不是仅作为科研发现，而是作为公共卫生事件示警完成了自己该做的工作。
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后来也的确认定不是萨斯
- 待认可未通过。偏要看
[URL= https://user.guancha.cn/main/content?id=251084&s=fwzxfbbt] 研究表明：新冠病毒可能于去年11月出现，变异一直在发生[/URL]
“对于活病毒的培养，比如跟踪病毒变异相关的研究，需要P3实验室得到监管部门的批准。而他们实验室由于还处于整顿期间，目前只能做一些临床检测。”上述实验室的一名合作方告诉《财经》记者。
该实验室关停的原因是什么，在整顿后何时可以开展相关的试验工作？截至发稿，上海市卫健委未予回应。
新冠病毒是否在人群中持续进化？如果答案是否定的，病毒没有快速变异，对于抵抗疫情是个定心丸。
病毒传播力的变化，与病毒基因组序列的变化相关，这种变化的跟踪，需要科学家对疫情不同阶段、不同地区的病毒序列进行比对研究。然而，这一工作的开展正受到阻滞。
“截至2020年2月10日，全球共有55条新型冠状病毒基因组数据公开发布，其中1月22日以前获取的31份测序数据几乎全部来自中国。 然而1月22日以后，余下的24份数据一律源于境外。”蒲慕明院士与吴仲义教授在上述评论中指出，“数据背景的断层，使我们很难在时间与地理上找到连续的规律”。
正如蒲慕明院士与吴仲义教授在评论文章中所言：“鉴于当前疫情的严峻形势， 选择不公开病毒相关的数据是有悖科研道德的。”
法无禁止即可为，
啥，没有领导批准？那就不行~~~~
不是说要搞“人类命运共同体”么？
国家领导人有资格说，你有啥资格这么做？停业整顿！！
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武汉病毒所其实挺倒霉的，姥姥不疼舅舅不爱：北京那边吧，觉得这离天南海北的，不是自己亲儿子；湖北省呢，觉得这孩子到底是中央的，自己使唤不上，更不待见
结果这次出这么大事儿，网友外人觉得武汉病毒所能大展身手，结果呢？被一上海啥啥附属的一中心给抢先发了病毒序列，武汉所前几天说自己功劳的文章里都只能说是：代表国家的首份病毒序列，那个酸哟....
病毒核酸检测，这个该能做吧？一般地方做不了，武汉形势那么危急了，武汉病毒所居然还是第二批才被列入有检测资格的，第二批才，第二批，第二......
太尴尬太可怜了
re: 在1月12日便迎来有关部门的调查，并在1月13日关停整顿。该实验室在提交了整改报告之后，未得到明确答复。“不知道是什么原因，但一切都发生在基因序列公开之后的第二天。
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跟我们看的古装剧一样：
忠臣：上海实验室
1月5日发公函，上报类SARS病毒，提出警告。
1月11日发布病毒基因序列
1月12日被有关部门调查
1月13日被关停整顿
奸臣：
扣押上海实验室1月5日的警告
1月12日下令调查上海实验室
1月13日下令关停整顿
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吃瓜群众：皇上圣明，都是被奸臣所惑
皇上为啥不拔奸臣抓起来，咔嚓掉?
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颂圣派：皇上在下一盘大棋，你们智商太低，都看不懂
1.15提高为内部一级应急响应。这次疫情从中央政府到武汉真是迷雾重重。
瞒下不瞒上，老百姓什么都不知道最好，上面把一切都安排好了。
像上海公卫中心这样异动是不受待见的，被认为犯了忌讳。
所谓发动群众，想都别想了，二者是矛盾的。
从1月14号卫健委会议看，应该是被卡在CDC到卫健委之间了。高某可疑度很高。
1月5日上海方面已经分析是类sars。同属于上海公共卫生中心的张文宏说最坏打算上海被感染80万人，中等是8万人感染。应该说上海方面判断是对的。新冠状病毒是烈性传染病。
上海公共卫生中心上报后，12日被清理整改。上海公共卫生中心有个特点就可以集中全上海名医来分析诊断，在医务系统内地位很高。显然是上面不认可上海方面判断。这个上面我认为应该不是上海市委，也非武汉方面。武汉的手臂根本管不到上海公共卫生中心。所以最大可能性CDC到卫健委层次被拦截了。
压制上海公共卫生中心的事情，如果只是CDC到卫健委，早就被公开示众了。
压制对CDC到卫健委的调查，保护伞肯定在更上面。
我觉得是皇上急着签卖国协议，维稳用力过度，玩大发了。
回望2019年12月底至今年1月初的那几天，原本应是决定无数人命运的关键时刻。但彼时，公众对这种病毒日后会引发的后果还浑然不知。
一位基因测序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省卫健委一位官员电话，通知他武汉如有新冠肺炎的病例样本送检，不能再检；已有的病例样本必须销毁，不能对外透露样本信息，不能对外发布相关论文和相关数据，“如果你们在日后检测到了，一定要向我们报告”。
1月3日，国家卫健委办公厅发布了一份名为《关于在重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》，这份国卫办科教函（2020）3号文称，针对近期武汉肺炎病例样本，依据目前掌握的病原学特点、传播性、致病性、临床资料等信息，在进一步明确病原信息之前，暂按照高致病性病原微生物（第二类）进行管理，相关样本的运输应当按照原卫生部《可感染人类的高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运输管理规定》要求进行；病原相关实验活动应当在具备相应防护级别的生物安全实验室开展。
3号文进一步规定，各相关机构应按省级以上卫生健康行政部门的要求，向指定病原检测机构提供生物样本开展病原学检测并做好交接手续；未经批准，不得擅自向其他机构和个人提供生物样本及其相关信息；已从有关医疗卫生机构取得相关病例生物样本的机构和个人，应立即将样本就地销毁或送交国家指定的保藏机构保管，并妥善保存有关实验活动记录及实验结果信息；疫情防控工作期间，各类机构承担病原学检测任务所产生的信息属于特殊公共资源，任何机构和个人不得擅自对外发布有关病原检测或实验活动结果等信息，相关论文、成果发表须经委托部门审核同意。
至于哪些机构属于“指定病原检测机构”，文件并未提及。有病毒学家透露，甚至中科院武汉病毒所都一度被要求停止病原检测，销毁已有样本，“因为按现行《传染病防治法》，开展传染病实验室检测、诊断、病原学鉴定是各级疾病预防控制机构的法定职责，仅有国家和省级的疾控系统机构才有权进行传染病病原学鉴定，中科院武汉病毒所显然不在此列，更何况那些未经授权的商业科研机构”。
或许正因如此，12月30日拿到病毒样本的中科院病毒所，2020年1月1日进行病毒分离，1月2日完成了病毒的基因测序，1月5日分离得到病毒毒株，1月9日完成国家病毒资源库入库及标准化保藏。这些显然日以继夜才能完成的研究工作，迟迟未对外公布，仅仅在2月份面临外界的传言攻讦时，才给出只言片语的披露。
1月9日，央视报道，以中国疾控中心为主的“武汉病毒性肺炎病原检测结果初步评估专家组”确定，病原体为新型冠状病毒，“截至2020年1月7日21时，实验室检出一种新型冠状病毒，获得该病毒的全基因组序列，经核酸检测方法共检出新型冠状病毒阳性结果15例，从1例阳性病人样本中分离出该病毒，电镜下呈现典型的冠状病毒形态。”
1月11日，张永振研究团队将该病毒基因组序列信息共享到“病毒学组织”Virologic.org网站和GenBank上，系全球最早公布该病毒序列的团队。
当日晚，国家卫健委宣布中国将与世卫组织分享新冠病毒基因序列信息。第二天，另外5个来自不同患者的病毒基因组序列由国家卫健委领导的小组在全球共享流感病毒数据库GISAID发布。对于这个向世卫组织分享的新冠病毒基因序列信息到底来自哪家机构？中国疾控中心主任高福回应财新记者称，基因序列来自三方机构，中国疾控中心、中国医学科学院以及中科院三方，此为联合攻关。世卫组织表示，已从中国国家卫健委获得更多有关武汉不明原因病毒性肺炎的详细信息，包括从病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息，这对其他国家开发特定诊断工具有重要意义。
这在当时都是上了新闻的，专家组要是不知道才是怪事
这之后需要专家组回答的就是：它会不会人传人，传染性到底咋样
又遇到了湖北和武汉卫健委的瞒报和封锁，专家们也不肯接触一线临床医生，坐办公室长考了半天，给了“有限人传人”这样一模棱两可的结论
CDC蠢就蠢在啥信息也不敢公开
2019年12月26日刚上班，还是如往常一样先大概浏览一下这一天的mNGS病原微生物自动解读结果，没问题的话就开始一天的研发工作了。
意外的是，发现有一个样本报出了敏感病原体——SARS冠状病毒，有几十条的序列，且这个样本只有这么一个有意义的病原体，如果是普通病毒，这已经是一个相当可靠的结果了。心头一紧，赶紧后台查看详细的分析数据，发现相似度并不算很高，只有大约94.5%（这跟卡相似度的阈值有关，相当于只筛选下了相似度比较高的序列）。
想到有几种可能：1、SARS不同毒株基因组有一定差异；2、RNA病毒容易突变，距离SRAS事件17年了，变异比较大；3、近缘物种的错误比对等等。为了确认结果的可靠性，开始了详细分析。
好在之前已经遇到过几次这种类似的敏感的病原体确认分析工作，而且领导也曾跟我讨论过几次能不能做一个新发病原自动挖掘的分析流程，心里一直记着这个事情，在做其他权重更高优先级更高的项目时也随手做了一个初步的版本出来，这个样本刚好可以派上用场。我给它起了个名字，相比于日常生产用的分析流程，它多了个后缀：“探索版”，包含了几乎所有已测序的病毒基因组。
探索版的分析结果提示这个病原体跟Bat SARS like coronavirus最相似，整体相似度在87%左右，而跟SARS的相似度是约81%。比对上的序列数由几十条上升到了500多条，此外也组装出了5条contig，加起来有1200多bp，此时基本上可以确认是一种冠状病毒，可以针对冠状病毒进行详细分析。分析期间也开始跟解读负责人和领导小范围内部保密讨论。
进一步分析，无论是拿原始序列去NCBI nt库blastn，还是拿组装后的序列去blastn，结果都是跟Bat SARS like coronavirus最相似，但整体的相似度也是只有87%左右，进行nr库蛋白blastx对比的相似度也差不多，因此对结果保留怀疑。
病毒的分类信息一直都很混乱，分类规则不统一，有些基于分型基因（比如甲流）、有些则没有明确的分型基因，通过其他方法去分类。此前并没有去调研过Bat SARS like 跟SARS的分类方法，在NCBI Taxonomy上，Bat SARS like 是划分到SARS下面的。
如此紧急的情况下，没有时间去调研文献，手上的数据也不多，基于基因组的相似度，潜意识里认为既然Bat SARS like是SARS的下属分类，那么这个检测到的未知病毒至少也是一个跟Bat SARS like平行的物种，即一个新型的Bat SARS like（后来看文献SARS和Bat SARS like是通过几个非结构蛋白进行分类）。
下载了所有冠状病毒的基因组，最后经过质量过滤、聚类等分析，筛选出了160株的冠状病毒基因（基本包含了所有已知的各种动物的冠状病毒）。将组装的序列与160株冠状病毒基因组基于全基因组平均相似度做了进化分析（题外话，个人认为在物种进化分析上，基于全基因平均相似度构建进化树，比基于某个基因构建的进化树要更准确、合理一些，毕竟是从全局来考量，当然，研究结构、功能等另说，此时组装的序列也很短，没有完整的基因序列），结果不出意外，还是跟Bat SARS like coronavirus聚得最近，而且也是在SARS的大支上。
图注：左上角一大块红色是SARS，边缘颜色没那么红的是BatSARSlike，再往外的大蓝边是另一群Bat SARS like，未知的病毒跟45、21聚在比较独立的一支上了，红框圈起来的。
比较奇怪的是，这个未知的病毒跟bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21聚到了一个相对独立的分枝上，而其它Bat SARS like则很集中地聚在SRAS那一群里面，想着也许是这两个的分类有点问题，但去看了出处的文献，方法上跟其它的也没啥区别，尊重文献的分类吧，暂且认为是对的。（这也是后面某些专家们把这个未知病毒判定为新型冠状病毒的依据之一）前端反馈这个患者病重，着急要检测结果，但是这么一个重大的病原体确实不可轻易报出，中午跟几个领导紧急开了个会，决定继续深入分析，延迟发放报告，同时分享数据给中国医学科院病原所一块分析。
后面从基因层面（orf1ab、S、N等基因）进行了深入分析，并没有什么意义比较大的发现了，主要还是检测到的序列数少，覆盖率太低，都是不完整的基因，做不了什么。中午时已经提出了重测补数据进行分析。重测可以进行技术重复性验证，避免一些未知因素的污染导致的假阳，确保样本确实有该病原体，另外可以有更多的数据进行分析，如能组装出完整的基因组，分析结果更可靠，能做的深入分析也更多。第二天（2019.12.27）一早数据出来后，赶紧进行了组装分析，终于组装出了接近完整的基因组序列。数据同时也共享给了中国医学科学院病原所做其他深入分析。这次的序列数由之前的500多条升到了47万多条！因为时间有限，还有其他研发项目需要做，就没有详细去对组装结果进行补gap获取完整基因组了。另外也已经分享数据给病原所了，他们也会做这个，所以就没有去组装出一条完整的基因组序了，已有的组装结果能满足大部分分析需求了。
后面也继续做了一些深入的分析。
回帖序列分布均匀，没有明显的偏好，平均深度和中位深度基本一致，深度达到了1000x，说明组装没啥问题，测序也挺好，未知病原体也是完整的基因组存在。
新型冠状病毒和SARS不同的基因的相似度不同，从75%到94%不等，特别是S基因，与人细胞受体（ACE2）相关，相似度才75%。所以说不是SARS，那也算是有依据吧。不过后来石正丽的文章中，通过他们的方法分析，新型冠状病毒也是属于SARSr-CoV（SARS相关冠状病毒）。
事件后续的发展大家都知道了。这里再说说几个问题。
为什么我们两天就已经分析出了这个未知的病毒是一个跟SARS很像的冠状病毒，并且上报了所有分析结果，官方要到1月7号才发布消息明确肺炎是由新型冠状病毒引起的？
其实我们做的工作只是分析鉴定了送检样本里面有这么个病毒，但肺炎是否是这个病毒导致的，我们并没有去分析，也无法去分析，检测到病毒不等于肺炎由该病毒引起。如此重大的卫生事件，官方自然要严谨论证，而且也有一套国际参考验证流程（科赫法则）。官方要做的不仅是检测到多个样本都有这么个病毒，还要验证肺炎是因为这个病毒导致的等等。
这个事情还有一个很感概的事情就是，知道真相的人噤如寒蝉，不知道真相的人各种“大力科普”、“深度分析”；亲身经历的公司只字不敢言，其他公司各种借势营销。从鼠疫到新型冠状病毒皆是如此，呵呵，好有意思。
要谈对整个事件的看法，最大的感觉就是失望，痛心，还有愤怒。我们都已经发现那么及时了，为啥现在还是没能控制住？让全国进入的疫情大战？更多的不是科学因素，也不是技术因素，而是决策和媒体。我曾经是个很愤青的人，事已至此，无力回天，传递信心才是最重要的吧。马后炮，人人都是精英，谁都不曾想到事情发展成这个样子，所以也懒得去批判很多事情了。但有些话还是想说几句。
辟谣SARS、媒体宣扬的乐观情绪，这些在最早期的时候都没有太大问题，毕竟对这个病毒的认知非常有限。在应对这些重大公共卫生事件时，疾控系统可能采用“内严外松”的规则，内部谨慎小心、严格验证、仔细评估，对外通告却可能偏向乐观，避免引起过度恐慌。何况在这次事件上，怎么去给公众交代，显然已经不是疾控系统能单独决策的事了。武汉交通枢纽的地位不必多言，当时也临近春节，正是餐饮、旅游、电影等服务业的旺季。悲观的宣传无疑会重创这些服务业，还会引起大众过度恐慌，导致物资哄抢，社会混乱等严重后果。若这病毒真无什么传播能力，或者因为采取了这些措施扼杀了病毒的传播，社会没看到这个病毒能带来什么危害，决策者必然会被骂反应过度、小题大做，到时自然要背锅。相反，过于乐观的宣传，病毒不强则皆大欢喜，开心过大年，病毒强则会导致大众缺乏防范意识，防控工作难以展开，最终导致病毒的快速传播，产生更加严重的后果。所以，当你作为一个决策者的时候，你不得不综合考虑方方面面的因素，社会、经济乃及政治各方面都需要做一个平衡，非常考验决策者和专家们的能力和远见。走对了，平淡无奇，走错了，千古罪人。
这个世界没有平行宇宙，我们无法知道哪种决策才是更正确的，或更错误的。在国内这种什么事情都喜欢往乐观上面宣传的大氛围下，以及侥幸心理的存在，决策者做什么决策，可想而知。
在事件的后期发展中，特别是1月12号左右开始，我相信专家们已经看到事情正在往不好的方向发展了（首批确诊的41例患者，约30%并无海鲜市场接触史，此时多地开始出现疑似病例了，有些已经初步核酸阳性）。但是在后续的宣传上还是太过于乐观和艺术化了，同时还在不断辟谣，还没任何发布预警的迹象。“不排除有限人传人，持续人传人风险低，可防可控”，用词颇为谨慎讲究，且不说是否过于乐观，就问有多少普通民众知道什么是“有限人传人”？什么是“持续人传人”？他们的理解可能就是基本不会人传人，自然毫无戒备之心。我还在朋友圈科普了一下。从现在发表的很多论文上也可以看出，很多专家很早就对这个病毒的传播能力有较深的认识了，越往后，掌握的数据越多，对局势的预判越清晰。我相信专家们早已给出不怎么乐观的预判，但如果某些人，为了顾及某些人或某些媒体的面子（毕竟之前宣传得太乐观，现在打脸太疼），罔顾专家意见，不顾民众健康，不得不往乐观上面去通告，坚持不发布预警，这就不可原谅了。无论是谁，该罚的罚，该撤职的撤职。
别的不多说了，谈点希望吧。mNGS确实是一个好技术，在疑难、危重病例诊断以及这种突发的重大公共卫生事件的早期监测和爆发监测中起到很大的作用。现在提供mNGS病原体检测服务厂商有很多，建议疾控系统可以跟一些技术好的企业建立直接沟通的渠道，能够更快速地应对像这样的突发事件。另外，mNGS企业们也可以建立一个信息共享平台，在遇到这些事件时及时共享信息，看看是否有爆发（我知道这个很难，一方面本来就是商业机密，另一方面敏感病原体谁都不敢轻易报吧，但我还是觉得这个事情很有意义，希望有朝一日可以成为现实吧）。也希望我们经历了这次新型冠状病毒事件后，国家的重大公共卫生事件的处理能力有长足进步吧。个人认为，在通告宣传上可以借鉴天气预报的规则——“总是会往危害大些方面去预报”，以提醒民众做更多预防，降低心理预期。俗话说：没有期望就不会失望。
这件事情对我而言，仿佛就是一场年终大考，用尽所学，交了一份还算合格的答卷吧，只是这份答卷是否发挥出最大的作用了呢？第一次亲身参与到了一次如此重大的公共卫生事件，做出了一点贡献，也锻炼成长了许多。
据我目前所知，最早发现这个病毒的应该就是我们了，因为也是我们上报结果以后，疾控系统开始介入。从GISAID数据库网站上提交的数据看，样本收集的时间也是我们最早的。也许其他机构也测到了这个病毒，但这是未知的病毒，核酸数据库中没有参考基因组，他们不一定有这个生信能力去分析鉴定。所以，应该就是我们首次发现了这个新型冠状病毒吧，记录一下。
希望早点战胜疫情吧。
中国加油！武汉加油！
2020.01.28
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