主题：问基因的问题 -- 镖局主人
“实验做出来了，结果却无比的诡异。”这绝对是好消息。
但是先别急，先凉两天，忙过这一阵儿，静下心来把结果好好缕一遍，刨除各种可能的错误，最好让老板扮演“devil's advocate”的角色，把你往死里问---问你可能犯的高级、中级、低级甚至限制级的错误，最好能问到让你想自尽，或者让你有掐死老板的心。如果你能回答所有的问题，或主要的问题，Hooray，你搞定了。因为试验数据的可靠性是一切一切结论的基础。
要是通不过，没脾气，回头补数据，找解释。
希望是前者！！
因为有各式各样的对照，老板没说什么，只是要求我换换条件重复两次。可重复一次要连续的五天时间，我又上课，又作助教，上一次还是旷了一天的课，外加周末和法定节日才搞定的。这个学期实在是无能为力了。
说起那个结果，其实还是能够解释得过去的。但的确是一个新发现，一旦证明是正确的，老板的那套假说就要全完蛋。我的那套东西也要从头改过。老板现在有几个提议，要我试一试，其实她也明白，即使重复出来，也解决不了问题。
现在是遇到了一个技术瓶颈。试验结果既不能证实，也不能证非。需要新技术来才能解决。但是她一直下不了那个决心，来全力开发一个新的实验技术。哎，我也下不了那个决心，因为风险太大了，周期又长。
下星期跟她再谈谈。
这几天静下来从头想过，觉得结果还可以接受。只不过出乎意外，与现有的假说和我们的预计相差太远而已。
进化论里面的变异是内生的还是生的?即变异是由于系统外地波动(perturbation)影响还是由于物种内部自身的演化?
谢谢.
现在认为是内在变化是产生变异的主要因素，但是变化的方向是由外界因素来决定的。就像老师给学生出了一道题，虽然这道题可能有很多种解答方法，但是所有的方法都是在这道题的限制之下。换一个说法就是，生物本身有若干个发展的方向，自然界最后做出选择。
就是物竞天择。
版主一番好意，在下心领了。只是，现在实在没有时间来做这项工作。还请宽限几个月。多谢，多谢。
妖道再叩首。
如果我们能假设有充分的研究能力,能够分析到足够低足够细致的水平的话,是否能认为所有系统内的因素都是self-organized,其演化的路径都是deterministic,比如象生命的产生,究其根本源头,我们可能发现生命起源于最基本的物理或化学的作用.从最基本的物理化学反应,逐步影响更上层的演化,最终导致高级形式的演化个体出现.
物竞天择,如果“天择”是指selection,或者说是环境的作用的话,“物竞"应该是指变异了?
这样的话,进化过程中的变异,是否是完全外生的,即是环境激发内生的变异?内生的变异又是怎样产生的呢?其机制是什么呢?
谢谢!不知道我的理解对不对.
先道一下谦，我觉得你的理解水平已经很高了，所以我就不再举例，而是单纯的利用描述来讨论了。如果你觉得读起来吃力，那么，我可以用其他的法子进行描述。
先说内生的变异，这种变异的来源就是生命的自组织信息，在复制传递过程中自发出现的。我们知道，信息传递不是自发的趋向准确，而是恰恰相反，是趋向失真和模糊的。需要输入能量来控制传递信息的精确性，输入的能量越高，精确度也就越大。但是无论如何，不可能达到100%的精确度。这就造成了生命中的每一代，都会自发的产生一些与前代不同的信息。这些信息及其产生的过程，我们称作变异。
还是举个例子吧，为了其他人能够更好的理解。比方说流言。曾经有一个笑话，说一只白母鸡从身上啄下一根灰羽毛，然后对同伴说，我变得更漂亮了。这个故事流传开来之后，很快就变成了，一只花母鸡为了漂亮，把所有的灰羽毛都啄了下来。继续流传的话，变成了一只花母鸡，为了漂亮，把所有的羽毛都啄下来了。最后这个故事传到那只白母鸡那里的时候，变成了一群花母鸡，为了漂亮，把自己的羽毛都啄下来，然后都冻死了。这就是信息传递的不准确性。要让信息传递的准确，一个方式就是重复，将同一个信息，重复的传递出去。或者采取不同的方式，或者采取不同的路径，或者干脆就把信息重复。但是没有一条法子可以保证信息传递的100%准确性。这种信息传递的变化，在生命中，我们称为变异。
再说self-organized，根据耗散理论，这种自发趋向有序结构的物理和化学运动的确是生命存在的最根本的基础。但是，由于现在还没有一个很精确的可以描述这种过程的数学存在，我们还不清楚这种self-organized的特性。所以在生命现象中，这种self-organized更多情况下，只是维持住原有的结构而已。而不是从头组装。我在下面一篇文章里有一些探讨性的描述，作为我对于这种现象的补充说明。欢迎你提出自己的见解。
演化的路径也并不都是deterministic。就像我前面举的例子，很多时候，一个问题有多种解答方法。同样对于一个特定的外界环境，生物也有多种的可能性来适应，每种可能性都会产生不同的效果。但是，由于有时效性，即最先出现的可能性被采用的几率最大，生命的进化在更多意义上是一种随即现象。比如说天气干旱了，水源减少了，小动物为了能够生存下去，可以有如下的选择，要么，可以转变代谢方式，减少水的需要量。要么，转换饮食方式，摄入大量含水的食物。要么，发展出更加灵敏的找水方式。要么，直接迁移，逐水源而生。所有的这些可能性都被不同的生物采用过，但是，最初的选择只能有一个，这个选择，将会直接影响下面这种物的进化。比如说沙漠中的跳鼠，采用的就是减少汗液和尿液的排泄；而树懒，则是只吃含水量丰富的嫩叶；斑马和野牛则是逐水源进行迁移。或许他们有过相同的祖先，但是这些细微的差异，最终决定了不同的进化路线和进化结果。
所以说，进化更多是一种互动，而不是单方面的行为。
这样说，还有什么问题么？欢迎继续探讨。
造成变异的原因,是由于复制传递过程中的失误,或者是由信息载体的本身的(物理化学)特性决定的,这种特性决定了复制过程中的精确度.另外这种看似不精确的传输机制和精确度,也是演化复制传递的后果.这是由于环境是在不断变化,只有具有不精确复制能力的演化载体才能适应环境而生存下来,而继续复制存在.
(假如把个体理解为dynamical system的话,这种传输复制机制就应该是dynamics了.)
我们可不可以这样说:在目前的研究水平下,缺乏精确的数学语言来描述演化过程,我们宁愿认为演化过程是内生和外生同时作用,是系统内和系统外的环境共同作用的结果.
但是如果我们的数学语言水平够高的话,我们将可能将各种因素相对地包括在系统内研究,这时我们再看演化的路径,就可能是相对deterministic的了.
毕竟,物质是独立于我们的意识存在的,是不依我们的认识研究水平高低而存在的.或许物质世界的存在即是必然,所谓的随机的环境变化或随机的内部变异都可能不是随机的,而是命中注定的了.
这样的话,就变成了哲学讨论了.
另外,我的出发点其实是经济演化或演化搏弈.已经有人认为生物演化的特点和过程,可以应用到演化搏弈/动态搏弈中.演化的过程即使一种搏弈的过程.
但是我比较不能理解的是演化过程中的人的意识的作用.
一个是:因为人的认知过程是非客观的.不同的人的认知能力,计算能力,主观意识是不同的,也是有限的.这种bounded rationality的过程和作用,怎么才能纳入演化搏弈中进行描述?
另一个就是,人的主观性在变异过程中有什么样的作用和机制? 生物有复制传递的机制.人却还有归纳\演绎的能力和主观创造的能力,看来也是很难描述的.
另外,水风给的链接,虽说看不大懂,但还是非常有意思的,了解了些背景,谢谢了.
造成变异的原因,是由于复制传递过程中的失误,或者是由信息载体的本身的(物理化学)特性决定的,这是完全正确的。这种特性决定了复制过程中的精确度.实际上，生命已经对于这种复制的精确度进行了优化调整。现在的精确度，是天然存在的精确度的几千倍。另外这种看似不精确的传输机制和精确度,也是演化复制传递的后果.正确。这是由于环境是在不断变化,只有具有不精确复制能力的演化载体才能适应环境而生存下来,而继续复制存在.这里就要讲到一个最佳组合的问题。实际上复制的精度是完全可调的，但是为什么大部分的生物都把这个精度调定在了亿分之一的精度就是因为在这个尺度上，生命体可以兼顾最大的效率和最节省的能量应用。如果把尺度调高十倍，那么，所付出的能量恐怕就是几百倍的提高。而把精度调低到原有的十分之一，付出的能量大概只能降低到原来的1/2。亿分之一处于生物体可以容忍的变异尺度内。所以也就成为了多种生物最后的选择。
(假如把个体理解为dynamical system的话,这种传输复制机制就应该是dynamics了.)这句话我不是太明白，可否进一步解释？
我们可不可以这样说:在目前的研究水平下,缺乏精确的数学语言来描述演化过程,我们宁愿认为演化过程是内生和外生同时作用,是系统内和系统外的环境共同作用的结果.[
但是如果我们的数学语言水平够高的话,我们将可能将各种因素相对地包括在系统内研究,这时我们再看演化的路径,就可能是相对deterministic的了.
这就要看我们如何定义相对deterministic的了。前面我们已经讨论过，象这种给定题目的答案，肯定是有限的。但是，由于时效性，我们不能确定何种答案最先被解出。所以，在某种意义上，可以说是随机的。
毕竟,物质是独立于我们的意识存在的,是不依我们的认识研究水平高低而存在的.或许物质世界的存在即是必然,所谓的随机的环境变化或随机的内部变异都可能不是随机的,而是命中注定的了.对于这一问题我有不同的理解。就像是原子中，电子的位置一样。这有个测不准的存在。就是既是我们已经知道了所有的存在可能性，却依然不能准确推断出下一个结论的情况。所以，很多时候，随机就是完全偶然的。
这样的话,就变成了哲学讨论了.我认为，这个讨论本身已经是哲学问题了，只不过我们想用生物学来阐述而已。
另外,我的出发点其实是经济演化或演化搏弈.已经有人认为生物演化的特点和过程,可以应用到演化搏弈/动态搏弈中.演化的过程即使一种搏弈的过程.我对此持不同的观点，博弈给出的条件和标准是完全不可变的，而这在生命中式安全不可能的。更重要的是，生物的进化并不完全向着最佳化的方向，就像一个问题，学生可以给出不同的答案。博弈只选出最佳的，而实际情况则是只要能够通过这个考验即可。而这个量化的标准，是目前的生物博弈学所不能够设定的，因此，所有的模拟博弈所得出的结论，都只是实际可能情况中的一部分。
但是我比较不能理解的是演化过程中的人的意识的作用.我同样也很困惑。
一个是:因为人的认知过程是非客观的.不同的人的认知能力,计算能力,主观意识是不同的,也是有限的.这种bounded rationality的过程和作用,怎么才能纳入演化搏弈中进行描述?
另一个就是,人的主观性在变异过程中有什么样的作用和机制? 生物有复制传递的机制.人却还有归纳\演绎的能力和主观创造的能力,看来也是很难描述的.
因为人也许是第一个在地球上存在自我意识的生物，我们还不了解这种高级的意识存在对于人，对于整个生物界的进化和演变有什么影响。这个问题，还有待后人去解答。
多谢您的探讨，非常有启发意义。限于我的水平，不能进行更加深入地讨论。实在是抱歉。欢迎您继续提出自己的看法和想法。