主题：【原创】留学生活杂记 -- 熊猫
NGS无论是de novo还是resequencing，都是小段儿拼的，要不怎么会有deep sequencing的说法儿？
甲酰化是methylation吗？如果是这样，methylation的sequencing不能做，不知道做chip-seq是否可行？
如果正好从你需要的序列中间断掉呢？如果断的很乱呢？如果你不计成本自然可以来那么做，但是如果只是实验过程中的一小部分，我觉得还不如直接用其他保存剂保存算了。
我们做一个生物的co1的时候就出现这种问题。线粒体dna啊，量那么大。长度只有700bp，也不算长。
这个虫子的dna含量很高，但是都碎掉了。提取完后一做pcr，结果发现根本没有p出来所要的序列，得到的结果是一片亮光，而不是其他种类那样整齐的带。师兄就说估计是断掉了，dna分解所致。
后来我们又重复好几次，结果都是同样的结果。这个虫子同属的其他虫子的结果都挺好的。只有这一个，是这样的结果。我们就猜可能是这个虫子体内有酒精不能抑制的dna降解酶。当然这只是一种可能。
于是我们采用了液氮现场冷冻的做法，终于把这个虫子的co1序列给p出来了。
这个虫子在中国近海桡足类中占的地位还蛮重要的，近岸以及远海，整个西太平洋都很常见的种类。你所说的做甲酰化的其他技术方法我不懂，但是如果有的话，我师兄一定也想到了。可是我们都没有采用这种方法。我的主要工作是提供样品，鉴定依据，我师兄是分子，我是上游他是下游。具体的一些技术细节我不懂。
我们过些时间打算做一个不同保存剂在保存dna方面的效果的比较。现在还没有开始做。
这和我们遇上的情况是两码事情。
不过，你做的东西事前也是找人鉴定过或者有确切依据他到底是什么的吧。
如果序列搞得太乱太短的话，拼也是不好拼的。
我们的目的是建立一个数据库，然后呢，可以用它来做很多事情。比如我师兄前几天检查我毕业的师弟留下的数据，就发现，他测出来的水母样品的基因，其实是其他生物的。这就说明这些生物是在水母的胃里面的。由于水母的序列特别难以被p出来，用其他生物的通用引物就可以检验水母摄食涉及到的种类。这将是一个很好的工具。
如果你只是就做这一锤子买卖的话，当然用那些方法更好。但是我们要讲长远。我们长期的要建立一个中国近海浮游生物甚至底栖生物的数据库，分子数据和形态学相对应，一来可以给以后的形态学提供基础，二来可以以此探讨传统手段解决不了的其他生态学问题。这些工作将是很有意义的。
不过更广泛的应用在测量。
那只是NGS的一个功能，更多的在于诊断测量。对于医学样品，因为人类基因组已经知道，所以map回去不是问题。
NGS里商业化产品，最近投入的也就平均1000bp，以前最多也就是4、500个的样子，但是short read很多。现在做测量最常用的也就是100bp上下，但是这样的片断一般可以到million一级的，也许明年会接近billion级。
组装，现在一个很重要的应用就是医学检测或者病理研究，这也是为什么现在非常热的原因和动力。确实，如果碎的太厉害，重构基因组会非常困难，甚至都不知道谁前谁后，但是从机理研究还是可行的，毕竟很多哺乳动物的基因组都已知了，只要map回去看看哪些基因表达不同，理论上讲，是可以做的，当然事实上没那么简单。
其实第三代的sequencing技术是不需要扩增的，因为它是基于单分子的。就基因组重构而言，如果有其他的办法解决或者暗示碎片前后顺序的问题，新一代的测序也是可以用于这类样品组装的。
关键我们做的不是熟知的动物，而是人类很少有了解的那些动物。
所以，我们还是要尽量测序，因为每一段序列都是一个数据的积累。
这个类群里面，基因组被测序的很少。连线粒体dna被测序的都不多呢。
结果被小猫的妈扇了一巴掌, 从此落下心里障碍.
还是养狗吧,抓耗子也是狗狗的副业...
怀念一个有血性的人。
当年俺就是这么入门的！号称“东北菜系”。出锅前加点醋，保证掩盖一切异味！代价是，不管原料是什么，味道都一样啦！：）
至于卤肉啊什么的“四川菜系”，那就是后来的进阶教程了。
btw，洋人的“灶”，火力确实差多了。
某日，看到网上一篇描述西餐厅中“老土”行为的帖子，我惊奇地发现，自己老土的段位，实在不是一般的高。什么要热水喝啊，牛排要全熟啊之类的，我就不提了，今天说两个简直土得掉渣的故事
我并不喜欢吃西餐，有限的几次，都是实验室里有什么事，和老板，外国同事一起去的。某次技术员过生日，至一东欧风格的小馆午餐。毕，技术员要吃甜点。我要了一杯咖啡，小老板问我要什么点心和咖啡一起吃。我基本已经吃饱了，那些点心的分量又很大，担心吃不完浪费。我就从桌上的小筐里拿了一小片面包，拿刀抹上点黄油说，我吃这个就咖啡好了。小老板一把把筐夺走： “熊猫，快着，麻溜给我点个饼干啥的！！” 我很不解地问他：“面包为什么不能和咖啡一起吃呢？为什么呢？？” 小老板翻着白眼对旁边的服务员大妈说：“一份布达佩斯蛋糕，谢谢！ ” 待人走后对我说：“熊猫啊，你真是丢死我的人了~~ ”
还有一次在一家意大利餐馆吃通心粉，我嫌腻的很，管人家要醋（雷人吧？？ ）waiter殷勤地给我倒了点，还加了句：you can have whatever you want ！（您要啥都行）我马上来了一句：“那您有筷子没？”我真是用不惯叉子吃面条。 然后我就见识到了什么叫“笑容凝固”。“呃，这个真没有～”我回头，看见同事憋笑到内伤，小老板捂着脑袋，脸上写满“我不认识你，我真的不认识你”……