主题：【原创】打着科学的旗号（科普一下分子时钟） -- 红绿
家园 我把我的看法说了 而且自认说的清清楚楚，就像小溪一样，不一定里面有蛟龙，但是清楚的。
我说的几条假设，列出来了，你说基本都不对。一条条说说看你觉得对的说法。不然，没法说明问题。
还有，我对分子进化论没有特别的问题，想要指出的是他和其他学说一样，有潜在的各种问题，没有想要说他没用。相反，
- 复 我把我的看法说了
家园 好的，我看到了，那就详细说说 我为我前面的态度道歉。
但是你的主楼问题确实非常严重。如果我之前给你的主帖打30分。在明白你说的是分子钟假设而不是零假设之后（注意你仍然是说错了一个关键性的基本概念），那么这个帖打分仍然只能给50分。嗯，满分150。
具体地举一段话做例子吧。
分子进化论一个根本的假设是：某一个物种它们都是同源的。有了这个假设，再假设基因的突变有一定的随机性，那么通过研究基因序列在这个物种种群里的时间变化，可以看出突变发生的分叉，再通过统计上的计算（还是有假设），我们就可以通过分叉来标定时间。这段话这是你帖中集中表述分子进化理论的一段。说实话我看不懂你在说什么，只能猜个大概。应该是这个意思吧：
分子进化的基本假设是分子水平的变异大多数是相对自然选择中性的，就是是说，是随机发生的。由此可以推测，分子序列在进化过程中积累突变的量是只与突变时间相关的。因而可以通过序列间的比较得到不同物种之间的遗传距离并构建进化树。如果化石证据能够给出进化树上某个分歧点的时间。那么在接受分子钟假设的前提下，就可以知道其他线系上的分歧时间。
需要说明，这不是教科书上的话。是我理解你的意思的基础上写出来的话。我只能写到这个地步。因而也不是严谨的分子进化中的概念。写下这个是希望能有助于理解你的原话和帮助我下面的评论。
好了一句句看你说的话：
分子进化论一个根本的假设是：某一个物种它们都是同源的。分子进化的基本假设是什么你这里并没有说对。而且你后面的这句话的意思我还得猜：这个“它们”是什么东西？一个物种内的个体？那么他们是同源的怎么理解？个体怎么能说是“同源”的。难道你想说的是它们是能“随机交配的”或者“有共同祖先”的？或者它们指的是一个物种内的某个基因？这个基因是有同源基因的？我不知道。
有了这个假设，再假设基因的突变有一定的随机性基因突变的随机性看我前面的说法。这个假设才是分子进化的基础。
那么通过研究基因序列在这个物种种群里的时间变化，你不觉得这是个病句么？反正我看你的话时很是在“物种种群”和“时间变化”这两个词上纠结了一阵。然后才能猜你想说的是：那么通过研究基因序列在这个物种（内各个)种群里(随)时间(的)变化。
可以看出突变发生的分叉，我相信一个分子进化的外行绝对会被这句话弄晕过去。这句话也足以让一个学分子生物学的家伙抓狂。是“突变发生时产生的分叉”？还是“突变发生时造成的分叉”？或者“因为有突变所以发生了分叉”？我努力想知道你说的是不是“突变可以构树，树上有分叉，分叉是突变决定的”？即使这么说，仍然是非常不严谨的，但至少是可以让人知道它不严谨。而不像你的原话那么不知所云。
然后我们把上面两个半句合起来
通过研究基因序列在这个物种种群里的时间变化，可以看出突变发生的分叉前边半个是病句，后面半句是两个突然出现的专业名词合在一起的不知所谓。你说你怎么用这么句话对不懂分子进化的外行科普？
再通过统计上的计算（还是有假设），这句通顺，不讲。（其实我很想挖苦一下，真难得。。。。）
我们就可以通过分叉来标定时间。应该是“给进化树上的分叉点标定分歧时间”吧？好比说“给布量长度”。你不能说成“通过布来量长度”。分叉不是用来标定时间的尺子。
好的科普应该是有助于外行看明白的。因而内行更会是很容易能看明白的。你写的这个东西肯定够不上这个标准。我前面的评价或者严厉了些，但是仅就帖中关于分子进化的内容来说我仍然认为是恰当的：相关内容更像是篇水平非常有待提高的学习笔记，而不是一篇能帮助行外人增加对这个学科了解的科普文章。
本帖一共被 1 帖 引用 (帖内工具实现)家园 【原创】多谢，说说我的看法 你猜的基本上就是我想说的意思。
而关于那个基本假设，我想表达的意思是，如果要用分子钟研究比如人的进化，有一个假设就是他们都是同源的。比如人的各个种都是从一个源头来的。
你的关于我写的语法分析，还真是对我要求高了，我这个东西一写而就，自己都没有复读一遍，就完了。并且，我不同意用很多专业术语来科普，尤其是达到我的目的。我用一堆专业词汇，必然引起不必要的疑惑，因为词汇或者说概念，如果不事先弄懂是无法读下去的。科普有时只能粗线条，而且是这样可能更有效果。当然这是我的看法。
我主要要表达的是关于分子时钟的假设和局限性，让大家能注意到这些，而不是一味的把它的结论都奉为真理。在那个意义上，我想你说的其实就是我的看法是对还是错。关于分子时钟本身技术方面的，本来就没打算多说，而且我不是研究这个的，实话说也没办法有很深的技术积累。
家园 你不是在过多的使用专业词语，而是在错用 科普的效果是要让一个专业之外的人明白一个艰深的东西是什么意思。但是你的文字完全起不到这个作用。甚至还会误导不了解的读者。
我明白你的本意是说这个科学理论的局限性。但是如果你说的关于这个科学理论的内容说得没人能看明白，关于他的局限性说的也是错的，你怎样让人相信你说的结论：这个理论有局限性呢？
科普本就是很困难的。面向大众的并不比面向小众的文字更容易驾驭。或者是我进楼时的心理预期太高了些。这里我不再回了，真心希望您可以多了解一些分子生物学的东西，并在其中找到乐趣。
最后再补几句，您上面想表达的意思我理解了。你说的“同源”原来是指人类不同亚种是单起源的而不是多起源的。这个概念确实很深，弄混了也不奇怪。不过，用分子钟假设研究系统发育关系不需要假定这个类群是单起源。相反这可以是从进化树上得到的结论。除非这个树的方法和数据是错的。
家园 附议 我明白你的本意是说这个科学理论的局限性。但是如果你说的关于这个科学理论的内容说得没人能看明白，关于他的局限性说的也是错的，你怎样让人相信你说的结论：这个理论有局限性呢？家园 实话说 你来去说了好多，我的几个错误你指出了，很好。
不过，从介绍分子时钟这个概念上，我并没有什么逻辑上或者思路上的错误。这本来就是一个概论，说白了，我也是二道贩子。你非要来一堆技术上的这个那个，我没有说的很清楚，也没有想要说那些。
而且很多时候，过于专业容易对一些词太过敏感，对于理解科普性文字的大概意思反而不能跟上，因为你上来就反感某些词的不恰当运用（就像我做的）。但其实只要不做研究，只是就了解这个学科最粗浅的思路，那就够了。
家园 按照楼主的意思，化石代表的人类体质的可靠性要比 人体内基因的可靠性要好的多。然而实际并非如此。仅以现代的例子而论，阿尔卑斯类型从长头型转化为短头型，日本贵族由于习惯吃流食而形成的贵族脸都只有几百年的时间，相对同时期内他们体内基因的变化，那根本没法比。当然，这都是很极端的例子。当然这些例子我觉得楼主并不知道。其实，在体质人类学引进计算机分析后，所得到的结论和分子人类学用常染分析得出的结论经常有相似之处。
家园 贵族脸据说是弥生人带来的特点 也可能是后天生活的影响，恐怕很难认为是可以遗传的基因特征
计算机分析经常有相似之处，但计算机结果具体而言操纵空间太大了，还是解释一下为好。
http://konglong.5d6d.com/viewthread.php?action=printable&tid=10621
家园 体质人类学的基点就是头骨，头骨也是体质外部特征， 测量的时候可不管什么特征可以遗传，什么特征不可以遗传。问题是某些人把这些特征看做是稳定性极高的东西，其实根本不是这么回事。
中国的体质人类学在引进计算机分析之前，基本是屁股决定脑袋，先有结论后有推论过程。在从国外学习引进计算机分析后，很多结论和以前不一样。
家园 科学可以质疑，这是毫无疑问的 可是通过自以为是的歪曲，毫无根据的质疑，天马行空的想象就推翻别人的东西，这是可笑的。
不错，分子遗传学的确还是个新生的科学，有些结论还有待验证。不过，在没有证据的情况下指责别人，这和科学扯不上关系。
家园 我知道您和其他一些河友对泉畔 的东西看不起，或者觉得很可笑，或者怎样。对这个我觉得没什么，个人有个人的看法。
不过反对的理由，就分很多种了。比如牛邻，他结结实实的写了一个讨论，大家也很认可（不是说他的讨论内容都是对的）。
其实，你们也都可以这么做，可是我看到的，大多都是冷嘲热讽式的扣帽子。相比之下，无论泉畔的‘理论’最后是垃圾还是有一些可取之处，他的态度要好的多，最起码认认真真写了，也少有冷嘲热讽的举动。
我好像在哪里说过怀疑某些人是否真的懂得分子进化的话。那是因为我看到的一些讨论，实在是让我生疑。但是我也清楚的说了，那只是我的恶意的猜测，和科学没关系。
家园 我始终没和泉畔交手 我是和另一个。那个人先骂娘的。
我觉得如果质疑分子遗传学，其实可以讨论一下，如果是多起源，基因上应该有什么表现等等，如果这样的话，我大概会给花的。
家园 如果现代人类也是从东往西那？ 看过一些基因方面的文章，有的提到过，某些基因以中国北方为中心，离的越近分布比例越高（比如北方99%，南方95%，中亚60%，欧洲40% 类似），因为不懂，并没有敢引用。
如果我们先把非洲单点起源放下，把分子进化（名词不懂的说）的看作从东方扩展出去的，有没有可能那？比如尼安德特人和中国人，法国人基因有交集性。走出非洲说是一种解释，如果中国人，法国人，尼安德特人都是走出泥河湾，能不能解释那？
现代智人从几十万年前甚至160万年前开始从东方扩散出去，不断替代世界各地“旧人类”。但因为非洲特殊的地理环境和自然条件，非洲黑人和现代智人交集最少，也基本没有被替代，其进化路线也是陆地正进化最强的，最适应炎热，森林，草原等环境的。其陆地奔跑速度也是最快的。那么，这样来解释，在基因研究方面有没有讲通的可能？
如果尼安德特人，本来就是早期现代智人祖先分化出去的一支，发展几十万年后在大理冰河期，被更发达的晚期智人全面替代。那么我个人觉得，中国人，法国人，尼安德特人人基因交集以及和非洲人无交集的原因都能解释吧？
毕竟按现在主流走出非洲理论，5万年前才到中东，2,3万年前才扩散到亚洲，现代人和尼安德特人两种不同的人种，在几千年时间里就完成基因融合，整合定型再扩散，从进化上说，速度是不是太快了？
家园 那是我误解你了 花歉
家园 在这里也做一个科普，就是人类化石代表的人类外表稳定性 问题。就是人类从一种体质特征经过环境选择变为另外一种完全不同的体质特征需要多少年，以前体质人类学家们一直没有回答，最新的答案是，最多五万年。这就是人类化石所能提供答案的上限时间。