主题：【进化生物学】表观遗传学——拉马克主义的复兴？ -- 尼伯龙根·蜗藤
家园 拜服，花！
家园 epigenect怎么能给用进废退联系起来 发育过程中，除了少数imprinting的基因以外，整个胚胎所有的基因都要完全去甲基化的，像这种老鼠妈妈多舔了几下造成的区别早就被抹掉了。其实不同组织，不同个体基因组甲基化程度不同的情况很多见，要是什么都能存下来可是这种后天的变化能遗传下去的证据好像还不存在唉，比如已经分化的细胞里面好多干细胞的基因都被甲基化silence掉了，要是什么都能存下来这样生下来的后代早活不下去了。
家园 没有说用进废退 是说获得性遗传。关键看文章第二点。
- 复 没有说用进废退
家园 获得性遗传也同样，您的论述有两个很大的问题 首先，您混淆了普通细胞和生殖细胞的区别。不同的外界条件会对细胞中DNA的甲基化状态有影响是完全可能的。但这种影响一般只会发生在普通细胞，而不是生殖细胞上。生殖细胞的DNA是非常稳定的，很少发生变化，如果生殖细胞的基因能够随随便便被外界条件所左右，很容易就被改掉的话，这样的生物早就灭绝了。而生殖细胞才是真正会被传到下一代的细胞，生殖细胞不变，其他的细胞在怎么变化也不会影响下一代。
其次，就算生殖细胞的DNA甲基化状态被改变了，也不意味着这种状态能被传下去。我已经说过了，胚胎过程中大部分基因的甲基化标记都会被抹去，只有极少数例外，就是所谓的imprinted gene。您所说的关于保护甲基化标记的蛋白的新发现，其实也是在意料之中，既然imprinted gene的甲基化标记不会被改变，就说明有相应的机制存在。但有这种机制的存在，并不能说明象您所说的那些受后天影响而产生的甲基化标志就能存在下来，毕竟在基因组千千万万的基因里面，imprinted基因只占很少数。
获得性遗传，或者用近废退的学说很难被完全否定，就象上帝一样，你没有办法证明上帝是不存在的，虽然你也找不到证据说上帝是存在的。但是这并不是我们随随便便就拉过一些不相干的证据来支持自己莫名其妙理论的原因
家园 是我混淆了，还是您根本没有看我的文章？ 我能写出这样的文章，会连普通细胞和生殖细胞都分不清吗？
我在文章中也说了，获得性遗传即便得到证明，也不过是达尔文进化体系的补充。不知道您有没有看到。
第三点，我的文章不是要说明获得性遗传“不能被完全否定”，而是说有的性状确实可能通过这种方式传递下去，并且给出了具体的例子。这和证明上帝是否不存在有任何关系吗？
家园 我怎么敢说您分不清普通细胞和生殖细胞？但是 您在自己的文章里中有模糊这两种概念的倾向。如您所说epigenetics有两个特征，一是可以后天获得，二是可以遗传。对第一个特征，您举的例子是小老鼠神经细胞的DNA甲基化程度跟老鼠妈妈对小老鼠的照顾程度有关，这个专指神经细胞。对第二个特征，您举的例子是卵子中某些基因的甲基化标记可以在发育过程中得到保护，是卵细胞。在您举的例子中，这两个特征分别发生在两种不同类型的细胞中，好像不能说明这种后天获得的变化能够通过DNA/RNA/protein被传到下一代去，何来获得性遗传。很显然，您虽然很清楚这两种细胞的不同，但并没有在您的文章里进行仔细的区分。
再说您后来提出的上一代的不公平可以在“生理上”传到下一代。我不知道您的这个“生理上”传到下一代是如何定义的，但根据一般人的理解，我把这种“遗传”理解为“父母对子女”之间有血缘关系的稳定的性状遗传。您的例子是，母亲/母老鼠对孩子/小老鼠照顾不周，造成孩子/小老鼠神经系统发育迟钝，智力障碍。不知道您有没有考虑到某些特殊情况，比如琼瑶剧里经常出现的，生下来的小孩被人掉包了，穷人家的孩子在富人家养大，富人家的小孩在穷人家养大，（极端情况下，下一代再掉回来）。在这种情况下，养父母对养子/女的照顾，教育固然对小孩的成长有影响，但他们之间根本没有亲缘关系，这些性状不是一代代被“传”下来的。您不觉得这种情况用“遗传学”来描述不是很恰当吗？
至于我觉得上帝的例子，我的意思是即使在没有您文章里提到的这些证据之前，获得性遗传也是无法被完全否定的。我个人也不觉得获得性遗传和达尔文的进化论是完全对立的。但对于进化而言，鉴于我们现在还没有能力制造时间机器，回到过去，就算证据再多，我们也无法完全肯定或者完全否定一种学说。但就我们现在所得到的信息，拿来支持获得性遗传恐怕还远远不够。
家园 老尼真牛啊 从政治学到生物学都写得这么专业. 不懂生物, 大选的贴子还是要继续啊. 希拉里是不行了, 还是展望一下GE吧.
家园 送花肯定用進廢退 鲜花已经成功送出。
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我觀察到一個現象，就是蚊子過冬。現在的蚊子能過冬，在暖氣房內過冬沒問題，昨天晚上我就被一只過冬蚊子叮了，室內溫度僅十六七度這些蚊子就能對人進行侵害。
三十年前我沒見過過冬的蚊子。這是用進廢退的例子還是適者生存的例子？
家园 寻找DNA去甲基化酶，以及其他相关研究 目前还没有办法知道甲基化是不是一个可逆的过程，因为只找到甲基化酶，但是直到今天也没有找到去甲基化酶。
同时，甲基化是不是一种抑制基因表达的细胞策略目前也不是很确定。因为也有研究认为甲基化的作用是为了引入高频的突变。在哺乳动物中，甲基化非常确定的发生在CG序列中的C上，产生5mC，然后再脱氨基变成T,经过DNA修复机制最终会将C -> T的突变频率提高至少10倍以上。
我们知道古代的DNA序列多是类似CGCGCGCGCGCG的序列，那么当引入这种甲基化机制之后，序列中的CG就会逐渐被TA取代。
并且，最近的全局性甲基化分布研究（Global distribution of DNA methylation）研究表明，甲基化在控制基因表达方面的作用可能没有之前认为的那么重要。新的表观遗传学方向是研究包装DNA的蛋白质小球（组蛋白，histon）上的修饰（甲基化，乙酰化等）的可遗传性。在甲基化这个领域，de novo methylation (大概的意思就是在DNA上出现的不正常的新甲基化位点)在疾病、肿瘤研究领域依旧有些活力。
关于进化（不是演化）我的看法是，主要指通过获得更好更多的新策略，或者提高了基于当前生存策略的某种关键功能，使得这个物种更加能够适应环境而生存的过程。因此，无论进化的主体是基因及其表达控制元件的序列，还是他们之间的关系其实都可以在考虑和研究范围之内。