主题：【求助】分子生物学鉴定物种分离时间及物种原产地原理何在？ -- 胡一刀

1. v的计算

这个问题不仅困扰你，也还在困扰所有的科学家。最简单的估计v的方法是把兄弟俩的Y染色体拿出来，看有多少不同碱基对，再通过一个简单的公式得到单个碱基在一代间发生异变的概率。从这个方法衍生出许多不同的计算方法，比如考虑AT和CG的不同，考虑基因和junk DNA的不同，以及考虑整个家族树等等。但是在用v来推算年代时有个问题是v并不是常量，所以又出来一些校正模型。总之这个东西大家还在吵来吵去，也是有些人质疑起源学说的论据之一。

2. s的确定

这个问题也很重要，涉及到碱基变异的相关性问题。如果不同碱基的变异概率是相同的而且是独立的，那么你说的情况的确是小概率事件。但这是不是事实呢？至少有些不是。也就是说，DNA里有一些碱基位特别容易变异，这个跟DNA fragmentation和genome rearrangement等等有关。怎么来校正它的影响也是个研究课题。另外，生物进化的自然选择决定了一些重要的DNA区域多样性显著降低。在这种情况下，一个解决方法是只观察那些在junk DNA (就是有它没它无所谓的DNA)里的碱基，从那里观察到的变异相对准确地反映实际变异速度。可是，新的问题出来了：近些年来人们又发现很多之前以为是"junk DNA"的地方实际上对基因表达是很重要的。总而言之，这个事情也是吵来吵去的。

3. 推导起源的问题

推导起源，并不是通过比较现代人和老祖宗的碱基对，因为老祖宗的碱基数据根本没有。这个推导分成两步，首先是找出一些标志性的DNA位点，每个位点对应一定的年代，凡是在那个位点上具备相同碱基的人在相应年代拥有相同的祖先。这些位点可以通过结合观测到的SNP和假设的变异模型来得出；然后通过大量的采样人群，根据位点重建进化树。现在的结论是，亚欧人的共同祖宗是非洲人共同祖宗的后代，体现在非洲人的DNA具有更高的多样性。