主题：【求助】分子生物学鉴定物种分离时间及物种原产地原理何在？ -- 胡一刀

首先回答一下鉴定物种分别时间的问题。

你的关于时间和变异速度之间关系的理解，我认为是正确的。

有关变异速度的确定，目前还是依靠基因。但是并不局限于编码蛋白的基因，也包括这些基因的非蛋白编码学列和非翻译的操控序列，以及编码DNA或者 RNA 功能序列的广义基因。有一个概念就是，不同的基因，它的DNA编码改变的速度是不一样的；同一基因内部，编码蛋白质的部分和非编码序列的速度，也是不一样的；即使在非编码序列，具有功能的序列跟非功能序列的改变速度，也是不一样的。而这些不同的速度，就是对应于不同的时间尺度的生物进化时钟。

举例来说，最保守的是编码合成蛋白质的核糖体的蛋白序列以及转录复合体中的蛋白，任何一个碱基的变化时间单位是百万年；其次是非核心的功能蛋白，其中任何一个碱基的改变时间是几十万年；再次是核心蛋白的非编码序列（具有功能的），这些是几千年到几万年的样子；再往下是普通蛋白的非编码序列（没有功能的）时间要看物种的代时而定，从几十到几百年不等；最后是所有非功能序列的自主变异时间，这个对于任何一个物种来说是几乎恒定不变的。不过要按照代时算。

计算物种的分离时间，要套用各种不同时间尺度来算一下。然后取其中看起来最符合逻辑，最可信的那个来进行下一步。其中最重要的一点，就是必须取对等的序列来比较。然后采取多个，或者多组，甚至是全基因组层次上的对等序列，进行比较，然后平均得到差异值。

人类跟黑猩猩的物种差异，在基因组序列上，总体来说大约是4%的样子。但是在对等的序列上，这个数字是1.25%.对应各种尺度，换算出来大约是600万年左右的样子。

2 差异的确定的确是靠平均来得到的。

3 关于人类的迁移路线，是按照下面这个原理来进行索源的。

就是共有的变化一定产生在独特的变化之前。如果某个地区具有某个变化（基因复制，剔除，变异等等）是这个地区所独有的，那么这个地区的人具有更多的亲缘关系，换句话说，这个地区的人共同拥有一个更近的祖先。

举例来说，所有的山东人种都具有ABCD基因特性，A是蒙古人种独有，B这个基因特性为东亚独有，C是中亚跟东亚共有的，D是除了西非之外的人类共有的。

那么我们可以很清楚的得出一个结论，具有A特性的，是从B族中分离出来的；而B特性是从C中分离出来的；而C来自D。而对于人类，推导出来，就是具有D的人类从非洲出发，然后到了亚洲产生C，继续前进，到了东亚产生B，到了山东产生了A.

可以作为特性的很多，包括单眼皮，双眼皮，脚趾的形状，血型，对于某种味道的敏感度，等等，归根结底，都是基因变化所引起的。