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主题:【野狐禅】慎独 -- 水风

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家园 做一个常规的Ilumina片子

现在基本上也就100块钱。这也是为什么Illumina在欧洲攻城略地,而北美市场上,affy也只有招架之功,而无还手之力。其实台湾有公司只要70来块,包运费都能做。如果只用现成的软件,大约两三个小时就可以交出一个gene list,但是这个统计学上的SDE genes,是不是有生物学意义的SDE gene,就很难说了。相信统计软件出来的type I error绝对很大。

如果是cell line的实验,结果一般会非常好。假如只是挑几个做RTPCR去Validate,一个phd/postdoc大概几个月就搞定。可是如果想完全搞清楚一个通路,不要说一个PhD/postdoc了,很多lab一直都在搞一个。目的不同,投入不同。而对于Microarray来讲,基于统计的分析应该不是一个big deal,但是对于生物学/医学的分析,就需要一个经过训练的PhD/senior MS

in bioinfo/biostat 来做了。好的分析员,不仅要懂得统计算法,而更重要的是理解生物/医学背景,懂得如何利用现有的资源(gene ontology, gene interaction, pathway analysis, etc)尽可能的降低false positive。对于基因解读,需要各个方面的努力,才可能在可以接受的时间内完成一定层次的分析。其实,说道蓝领PhD,那些在公司里的PhD们不都是吗?每年那么多毕业的PhD,又有多少进入学术界?对大家而言,不就是一份工作嘛。说到贡献,开创性的工作固然伟大,但是如何转入实际应用对普通人而言才更有意义。

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