主题：核酸检测PCR的Ct值为什么从40改为35？对疫情防控有何影 -- 夕曦
首先感谢普鲁托的帖子（从上海“中润十三阳性”说起……），系统通俗地介绍了PCR原理和在核酸检测中的应用。尤其是后一个帖子（（续）从蔡阿姨家的阳性说起……），讨论了Ct值在新冠筛查过程中产生的具体问题。最后提出了一个重要问题：国家卫健委在今年3月15日发出的新冠诊疗指南第九版中，将解除隔离标准从Ct=>40修改为Ct=>35，为什么要这么改？是与国际接轨吗？
征得普鲁托河友的同意，在这里单独开一个帖子讨论与这个问题相关的答案。
首先简要说说我的答案，1）这次下调Ct值确实有与国际接轨的考量，但肯定不是唯一的理由。其它原因之一是配合去年12月国家防疫政策调整为动态清零（什么是动态清零）。动态清零的核心就是精准防控，用最小成本达成最大防控成效；2）Ct值下调后，对潜在的“假阴性”无症状感染者不能精准防控，导致上海、北京等地的奥密克戎疫情发生后，长时间难以实现动态清零。
在解释答案之前，需要说说Ct40与Ct35有什么区别？
Ct值就是PCR循环扩增过程中，达到激光探头能够明确检测到目标核酸荧光信号时的循环数。
理论上，每一轮PCR循环可以将上一轮目标核酸量加倍，是按照2的倍数成指数倍扩增的。Ct35就是指在PCR第35个循环中才检测到目标核酸，这时目标核酸已经被扩增了2的35次方倍。说白话就是被放大扩增了340亿倍以上，才能被检测出来。Ct40是目标核酸在Ct35之上，再扩增32倍达到1万亿倍以上才被检出。
激光探头检测荧光技术是非常敏感的，能够检测到的核酸最低量已经非常非常低了。如果Ct35才检测到荧光，用激光检测荧光最低限核酸量除以340亿扩增倍数，理论上PCR开始前样本中只含有1-2个目标核酸分子。对病毒核酸检测来说，就是原始样本中只有1-2病毒分子（拷贝）。
如果激光检测荧光阳性是Ct40，理论上原始样本中不含有病毒（目标核酸）拷贝了。这时的阳性，只能用系统误差来解释。比如试剂的污染、引物设计的问题形成交叉反应等等。通常被认为是假阳性结果。
这就是国际上大多将Ct35做为新冠病毒核酸检测方法的阳性标准。去年10月份我第一次看到国内核酸检测的实际数据，使用Ct40做为阳性标准，当时是非常惊讶的。
可是以上讨论都是基于理论上的。在实际操作中，由于各种原因每个PCR循环并不能完全保证2倍扩增，随着循环增加，偏差也同时会被累积放大。原始样本中非常少的病毒拷贝，可能需要超过35次以上的循环，才能检出阳性结果。理论和实际操作是有差异的，国际上将Ct35做为新冠病毒核酸检测阳性的标准，是根据PCR理论确定的主观标准。
中国使用Ct40做为阳性标准，考虑了在实际应用中可能产生的问题，但是这样规定连带产生的问题是，Ct值在35-40之间的阳性结果，肯定有相当数量的假阳性。从疫情防控政策制定的角度讨论，使用Ct40阳性标准，目的是宁可承受一定数量的假阳性，也要避免筛查过程中低病毒含量的阳性样本在Ct35不能被检出的情况（假阴性）。用大家都明白的话说，就是“宁可错杀三千，不可放过一个”。
但是在特定的疫情状态下，这个Ct40阳性标准已经不适用于动态清零政策，需要进行调整。
【待续】
准备这个帖子查找与“动态清零”相关的信息时，才发现之前对这个防疫政策有误解，估计相当多的人也会有类似的误解。原来以为“动态清零”时武汉疫情封控过程中形成的、一直持续到现在。实际上动态清零只是一个当前中国新冠肺炎疫情防控的总方针，具体实施措施一直在不断调整，各个省市根据当地的具体情况也会有不同的规定。
“动态清零”的核心是用最小成本达到最大防控成效，也包括尽量降低疫情防控的社会成本。比如通过精准防控减小封控隔离区域，从而减少对人们工作生活的冲击。这个策略的前端是强调快速、精准发现病例，迅速封控隔离密接、次密接人群，尽可能在早期达到阻断封控病毒传播，快速扑灭疫情；同时限制减小封控隔离区域。策略的后端是尽可能提前解除封控隔离时间，尽量降低疫情防控的社会成本，合理分配医疗资源。
新版方案将隔离出院前核酸检测Ct值由40降至35，应该是动态清零总方针指导下对后端的具体措施调整。这种调整应该有两个考量。
一是可以保证相对安全。（为何核酸Ct值35能作为出院标准 ）
南方日报记者采访了广州医科大学附属第二医院检验科主任周强：当恢复期感染者的核酸Ct值≥35时，意味着在其样本中没有分离出病毒，传染风险小，也没有发现密切接触者感染的情况。
二是合理调配医疗资源对应大量无症状感染者。（新版诊疗方案将Ct值标准从40降到35，意味着什么）
北京佑安医院呼吸与感染疾病科主任医师 李侗曾：我们在初期，轻症比占比较少，我不知道哪个他会发展为重症，哪个他可能到了5到7天之后他就好了，所以在早期我们是采用的一律收治到定点医院。那么奥密克戎出现以后，90%的是轻症。如果说这个方案不去修改，一个定点医院就不够了，甚至更多的定点医院来收治，可能是一栋楼要腾空，甚至整个医院要腾空。最近新闻也看到，有些地方门诊停诊，有的地方是急诊停诊。这样的调整，不仅仅是说给咱们感染者本人减轻了负担，更重要的是对医疗机构、对医护人员也减轻了负担。
但是这个Ct值下调，应该是由没有实验室经验人拍脑门想出来的“动态清零”调整措施。目前新冠病毒核酸检测只能由专业人员使用专业PCR设备在专业实验室中完成。大规模人群筛查采集的样本只能送到数量有限的实验室中进行检验，这些检验实验室都是大规模工业化运作的。如果使用普通筛查Ct40和出院筛查Ct35两个标准日常运行，对核酸检测实验室工作和检验质量影响非常大。
实验室对样本送检人的报告主要是阳性或阴性结果，有时会报出Ct值。如果使用两个标准，实验室必需对每个样本额外核对应该使用出院筛查标准还是普通筛查标准，之后才能出报告。这需要添加人员、制定新的流程、延长整体核酸检测时间。
可以想象一个大规模运行的实验室，绝大部分核酸检测是普通筛查，少部分是出院筛查。在疫情爆发情况下，送检样本量突然暴增，实验室超负荷全时、全员长期运行。额外增加的两个Ct标准核对的工作，非常容易出现混淆误报等错误；或者延迟普通筛查出报告时间，影响疫情防控。
我了解的一个方舱运作，在4月初上海封城初期，样本送检医院实验室难以应对两个Ct标准的繁重负荷，很快改回统一使用Ct40标准了。
【待续】
前面讨论Ct值调整会直接影响大面积筛查结果的假阴性率和假阴性率的变化，下面我提供一些真实的数据，给大家更直观的认识。
数据来源于与一个城市的疾控部门合作开发一个新的核酸检测技术，阳性样本是从当地海关口岸监控到的输入性病例，时间是去年8-10月，流行的是德尔塔变异株。为保证不漏过一个输入性病例，疾控部门对每个样本都要使用两个不同厂家的检测试剂盒，各检测两次，由当地疾控部门技术人员完成检测报告。最终样本检测结果是综合4次检测结果使用Ct40/38标准得出的。（表中数字是核酸检测Ct值）
从上面结果可以看出：1）只有4个检测都是阴性时，才能最终确定样本为阴性；2）如果样本产生3个阴性1个阳性，只能是疑似阳性，建议重新采集样本检测；3）出现两个或两个以上阳性时，报告就能确定为阳性。
可以看出这个结果判读报告方案绝对是“宁可错杀三千，不可放过一个”的策略，对报告阴性结果非常慎重。稍有怀疑，就需要重新采集样本检测。在12个阳性样本中，有5个样本出现了1或2次阴性结果。虽然我们不能确定其中是否有假阳性，但如果每个样本不是检测4次，而是只检测一次，最终的结果是很有可能有样本会出现假阴性的结果。
我不知道国内疫情防控中人群筛查的核酸检测，是否也使用这么严格的4次复核检测。查阅《医疗机构新型冠状病毒核酸检测工作手册（试行第二版）》，其中质量控制与管理章节，没有对样本的复核检测提出具体要求。如果一个样本只进行一次检测，也是符合这个《手册》要求的。另外《手册》质量控制与管理仅仅规定：
大 规 模 人 群 筛 查 时， 因 人 群 流 行 率 极 低 （＜ ０．１％），一旦出现阳性结果，对阳性标本采用另外 一到两种更为灵敏且扩增不同区域的核酸检测试剂 对原始标本进行复核检测，复核阳性方可报出。
可以看出这些质控规定目的是降低假阳性，并没有针对假阴性制定相应的质控措施。
国际上普遍将Ct值超过35判断为阴性，我国则要求Ct值超过40时判断为阴性。现在我们用Ct35标准回看去年的数据，看看阳性与阴性结果的变化：
从上面看来，使用Ct35标准报告的结果是14个阴性，3个阳性，3个疑似阳性。与Ct40标准的差别非常大。我们不能保证Ct35与Ct40那个标准的结果是绝对正确的。与我们测试的核酸检测技术比较，更倾向于接受Ct40标准的结果。由于当时合作的目的是比较新的核酸检测技术，合作方特意挑选病毒载量很低的样本使用，应该不具有普遍的代表性。但是这个比较，还是很直观地显示根据PCR原理确定的Ct35主观标准，在实际筛查中会产生假阴性；进一步给我们的启示是：使用Ct35标准进行疫情防控的国家，不仅疫情数据会被低估，病毒传播也很难得到有效控制。
从动态清零角度考虑，由于假阴性极难被发现，对疫情防控威胁极大。尤其是奥密克戎变异株传播速度快，可产生大量无症状感染者。对无症状感染者，假阴性的核酸检测结果就相当于给感染者提供了自由通行的保证。没有核酸检测结果，无症状感染者还会受到一些防控措施的限制；有了假阴性检测结果，可以做高铁、飞机旅行，出入公共场所，将病毒传播扩散开来。下一轮感染者也大多是无症状的，通常不会主动做核酸检测。经过多轮传播后才可能有感染者出现症状被发现，这时通过追踪密接、次密接、活动轨迹空间交集等流行病学调查方法，也难以查出源头。对疾控部门来说，明明对新出现的新冠阳性病例已经进行早期隔离，通过流调方法快速确定封控密接、次密接人群，但是总有新的阳性病例时不时在社会其它地区出现，流调也无法与现有病例建立关联。即使每日新增病人数量不大，但仍会导致大面积人群长时间处于高等级封控状态，工作生活受到严重影响。当前北京的疫情就是这种状态。
中国没有选择与国际接轨，而是使用Ct40做为核酸检测标准，目的就是在人群筛查中尽可能减少产生假阴性。我们前面讨论的，如果每个样本只做一次检测，或者在采样、运输、实验操作过程中产生的各种问题，都可能影响PCR结果，导致假阴性。与假阳性相比，非常难以发现假阴性的存在，也非常难以建立可靠的质控体系防止假阴性发生。
这几天北京疫情中发生的案件可以做一个说明。（没检测就出具核酸检测结果？）
5月14日，监督员发现位于北京市房山区的朴石医学原始检测数据明显少于样本检测数量，根据《突发公共卫生事件应急条例》第二十一条，房山区卫健委吊销了朴石医学的《医疗机构执业许可证》。该处罚决定时间为15日。
说明白一点，就是这个检测机构接收送检的样本后，由于各种原因没有完成全部样本检测。为防止被发现，或许该机构伪造了没有完成检测样本的结果数据，然后出具检测报告。如果伪造数量足够多，必然会产生假阳性与假阴性的检测结果，更可能是假阴性的检测结果。即使没有伪造数据，也拖延了疫情防控。在检测时已经是阳性的感染者，由于检测结果拖延，可以在这期间将病毒传播给更多的人。
奥密克戎变异株通过假阴性无症状感染者给动态清零防疫政策带来巨大的挑战。
【完】
我这大规模筛查，20年6月是5人/管，今年4月是10人/管，上周开始20人/管。这个人数会不会造成干扰？
第二个问题，取样时，20年做核酸时是在喉咙深处，今年4月普筛是喉咙上部，上周去做是在舌面中后部。这个取样会不会有效率降低？如果降低，加上CT值由40变成35，会不会导致检出率降低？
对于主贴，我有点想法。
理论上PCR开始前样本中只含有1-2个目标核酸分子。对病毒核酸检测来说，就是原始样本中只有1-2病毒分子（拷贝）。
之前的说法，是检测到基因片段，基因片段跟基因分子是不同一个量级的概念吧？如果以基因分子为标准，如你所言，35CT是一到两个，那么是不是应该36CT更合适？
2）Ct值下调后，对潜在的“假阴性”无症状感染者不能精准防控，导致上海、北京等地的奥密克戎疫情发生后，长时间难以实现动态清零。
概然实践证明CT3T不能有效动态清零，那么就应该修正吧。
就是有夕网友，普网友这样的大牛，所以本嘉明大牛也还是希望他能多发言，百家争鸣吗。
1。荧光PCR并没有用到激光，一般光源是白光源加滤光片，近些年部分公司采用LED，产生具有一定带宽光谱的光源来激发荧光；照射光源的谱线和激发的荧光谱线要分离的足够开，可以通过光路滤波消除掉光源本身的影响。
那么问题来了，激光在哪里？没听说过荧光PCR有用激光的
2。对于荧光PCR的检出限，多管中是有对照质控管的，比如质控管中放入25-500个copy的病毒分子，然后一起扩增，最后出荧光对照。这样才能保证检出质量。
3。所谓的CT值在35-40之间是假阳性，这只是个定义的问题。实质上，这些人依然是病毒携带者，但是由于他们的病毒载量低，他们当下并不具备传染性。
但是问题来了，病毒载量低有两种情况，一种是病毒发展接近结束，那病毒载量会继续下降；但是还有一种可能是病人本身还在病程发展早期，排毒量少，那么继续发展这些人就有传染性了。
所以我认为这批人是应该隔离观察的。
以上几点，仅为技术探讨
关于荧光PCR是否用到激光的问题。我最后做定量PCR大概在2010年前后，印象中当时的技术是，引物标记的荧光染料是用激光激发后发光，然后被探头探测的。我主贴中肯定没有说清楚。
同一样品，CT能差到8.
取样时间差，不到一天，能差到20.
日常检测应该是CT40，出院检测改成了CT35，主要是为了加快病床周转。
病人在恢复期，病毒载量持续下降，那CT值35可以确认病毒载量低，传染性弱，就可以出院了
确认。初步回复，比较混乱，仍然使用Ct40
是非常容易出乱子的。
出院就是默认病人病程已经发展到恢复期了，病毒载量会持续下降
住院期间基本每天都要测核酸，肯定是前期持续下降趋势已经观察确认了
那么即使CT35也没关系，只要没有传染性就可以
但是如果确诊是CT35那可能会出大问题，因为病人病毒载量可能持续上升，如果认定这个人是阴性，那这个人没纳入管控范围，就可能持续感染
实验室对样本送检人的报告主要是阳性或阴性结果，有时会报出Ct值。使用两个标准，实验室需要额外核对样本是出院筛查还是普通筛查，之后才能出报告。
可以想象绝大部分检测是普通筛查，如果送检样本量大，实验室超负荷运行，额外增加的核对两个Ct标准的工作，非常容易出问题，或者延迟出普通筛查报告时间，影响疫情防控。所有我了解的方舱，在4月初上海封城初期，就都改回Ct40出院标准了。
实际操作中麻烦不小
只能由专业人员使用专业PCR设备在专业实验室中完成，从采样到出报告的时间过长，不足以及时完成准确筛查。所以我估计目前北京疫情持续时间会和上海差不多。
广东浙江都在半个月内内控制住
北京或者是疫情前期控制不力，或者是其他原因，核酸检测的速度并不是关键瓶颈
广州深圳东莞杭州宁波多次疫情都在几周内压制住，长期投入大，核酸检测能力充足
北京核酸检测能力应该不会弱吧？
北京疫情不会像上海这么拉垮的，我猜几周之内可以清零，北京还是方案上有漏洞