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主题:Apr.4的COVID-19病毒序列解读 -- 陈王奋起

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家园 Apr.4的COVID-19病毒序列解读

到了2020年4月4号凌晨,Nextstrain上已经有了2894个测序上传,其中中国达到了242例,美国达到566例,基本和各自的确诊人数相匹配。

下面的是中国的序列树

点看全图

最大离散度:13.007, 最后上传是3月23日

下面的是美国的序列树:

点看全图

最大离散20.13,最后上传3月29日。

看完这两者的图,脑子最简单的人也会下结论,美国的毒株种类齐全,变异多,各个关键节点都有美国病毒序列把守。中科院西双版纳植物所的论文直接指出,美国有4个病人身上有11种单倍体。

按照通行的病毒界找根的说法,美国是病毒的根几乎无可置疑了,不过各路学者要发paper,不敢轻易说,只好我们这种民科来发声。

通宝推:ccceee,桥上,独立寒秋HK,hwd99,心有戚戚,
家园 这个网站的COVID-19病毒序列树的底层逻辑

这个网站的COVID-19病毒序列树的底层逻辑就是以武汉市场作为“源”构建的。

中方在引用它的时候一定要小心又小心,容易被套。

通宝推:慧诚,
家园 美国的疫情已够说明问题。
家园 是不是也和输入美国的来源众多有关系?

首先是看不太懂,能否详细解读一下该图?

另外,单倍体众多是不是跟输入来源多也有关?判定上下代关系其实更重要。如果说单倍体众多代表祖先来源众多,而多数和武汉的病毒无后代关系,就是说不是武汉的病毒的后代,那么美国是五毒老祖就是板上钉钉了

家园 无法根据基因本身断定父子的先后顺序

特别是父子只有1个核苷酸变化的时候,根本无法断定谁是父亲。

但是,越是病毒的发源地,病毒存活的时间越长,变异越多。按照公开的数据,全世界当时的确诊病例数加起来也没有武汉一半多,照道理武汉具有最多的病毒多样性。中国是病毒单倍体种类最多的国家。但事实上,美国雄踞第一。

分析软件会假定一个病毒样本出发,到达所有病毒,并让所有病毒的离散度最小,从而暂定一个根病毒。从图上可以看出,多个美国病毒,武汉病毒序列串都在根部,无从分辨先后。因为美国仅仅检测到过武汉的病例,这就限制了更早的样本出现。

前几周在美国,未经许可就测试新冠病毒序列已经被禁止,更不要说上传了。

家园 同人类非洲起源说?基因多样。
家园 这个只是证据之一

首先从立场上我愿意采信这个证据但是孤证不立。

假设我们采信这一证据。

那么必然就需要解释下一个问题

美国如何才能隐瞒新冠病毒在美国大范围传播的2个月?

就算完全不检测,新冠病人也会因为呼吸困难迅速挤爆急救室,这个很难瞒下来。

实际上,如果假设病毒不起源于武汉,那么这也是需要面对的主要问题,基本上我认为,只有在医疗或交通极度不发达地区才有可能作为武汉的输入性源头。

家园 意大利是如何拖到2月才爆发的

不知道当然就不知道,不但意大利医生认为早就传播开了,连意大利的神父都觉得今天1月死人特别多:

https://news.sina.com.cn/s/2020-03-30/doc-iimxxsth2660950.shtml

佩罗内提到,伦巴第大区疫情在2月末才开始爆发,但在那之前他们已经感受到一些先兆。据他回忆,从1月初起当地举办的葬礼数量就异常多,有时能达到4至5场一周。这样的情况过去只会偶尔出现,但1月基本每周如此,有时候一天甚至要举办两场葬礼。但他和其他神父只是觉得有些奇怪,没有因此提高警觉。

家园 现在阻止真相的是各国政府的暧昧心态

如果联合国连同世卫组织带领全球各国政府互相往对方的7,8,9,10,11月查,谁最早谁尴尬,美国控制的信息传播完全可以暗示或者警告各国政府不要玩火,不然煽动对方境内民意追究政府,甚至刑责。

现在中国最早发现,而且控制住了,就算自己不吹逼也会存在客观的高下对比,又是国际社会公认的野蛮人,让中国背了锅它不香吗?

美国操控信息传播煽动民意推翻目标政府的常见手法之一就是"压缩容错空间",矛盾尖锐化,让你自己选择这条路。

真的猛士,敢于直面惨淡的人生,敢于正视淋漓的鲜血。这庸俗的资本主义地球我看药丸。

家园 意大利可以追溯到1月没错

但是别忘记武汉最早能追溯到12月初,如果能定位到任何国家12月以前的病例中国就洗白了。

所以任何国家都没有动机去重新测试12月前收集的病例,否则就是搬起石头砸自己的脚。

但是如前所述,大爆发是很难隐瞒的(至少在有一定卫生水平的国家),而武汉确实是最早大爆发的地区,所以源头就在武汉的可能性在我看来是大于50%的。

实际上不少河友也提到了,病毒的发源地不应作为有罪的原因,重要的是看当地政府应对疫情的方式,而中国在这方面已经是蓝星第一了,只不过西方国家非得甩锅不可。

通宝推:一刻馆皆様,
家园 这个起源的事情和叫你丫不戴帽子是一回事

人家要找你的碴,是不是起源地,戴不戴帽子都没有关系。就算证明了武汉不是起源地,人家还可以不报道,然后反复说谎。所以这事在政治上无意义,当然在学术上有。弄清为什么爆发地不是起源地很有意义。最好情况是能够追溯到新冠病毒怎么样突然变得既有极大的传播能力,又有比较高的致死能力。

家园 拿美国和加拿大,纽约和多伦多进行比较就清楚了

美国的人口是3.27亿,加拿大的人口是0.376亿,算是十分之一。

纽约州的人口是两千万,与之毗邻的安省的人口是一千四百六十万,是纽约州的73%

纽约市的人口是八百六十万,大多伦多都市区的人口是六百万,是纽约市的70%。两国,两州和两城市地理靠近,人口组成类似,人口数量可比,生活习惯类似,外出旅游习惯类似,而加拿大是公费医疗,发现的比美国应该更及时。如果都同时受到欧洲和其他地区的输入型病毒影响,其结果应该是按人口等比的。到目前为止,美国接受测试发现的感染是23万,加拿大是1.25万,是美国二十分之一。纽约州感染是10万,安省是3千,是3%。纽约市感染是5.7万,大多伦多具体数字不清楚,就算安省一半都在大多地区,就是1.5千,是不到3%。

结论是美国有明显的非外来的严重因素造成的内部感染。

家园 有啥难隐瞒的

日本在明明已经大爆发的情况下,硬是通过压低检测量,捂盖子捂了2个月——这还是在人人都已经知道有这个病毒的情况下

如果没人知道有这个病毒,医生不说,媒体不报道,根本没人知道

美国今年流感几千万人感染,死了快2万了吧,这不叫爆发什么叫爆发?

家园 这个可以用病毒传播中的偶然性来解释

类似的疑点还有第三世界国家。

目前第三世界国家普遍疫情轻微,就算不检测大法再神奇,人家也没出现严重的到上新闻的人道灾难(考虑到这类国家也无所谓医疗击穿了)。

还有欧洲最早爆发也是最早和中国断航的意大利。

我个人感觉哪个国家先爆后爆还有很大的偶然性的。

家园 个人看法

日本肯定瞒了,但是要是到纽约这样,还能瞒得住吗?

美国流感的死亡率正常啊,感染率高了点,但是美国流感普遍就是靠疫苗,一旦疫苗估的不准就是互相传,很正常。

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