西西河

主题:请问有没有做Rietveld Refinement 的兄弟在这里?我有一事请教。 -- 大畜噬嗑

共:💬13 🌺2 新:
全看树展主题 · 分页首页 上页
/ 1
下页 末页
家园 请问有没有做Rietveld Refinement 的兄弟在这里?我有一事请教。

我有一事请教,是关于衍射(X-ray and/or neutron)中special form factor设置的问题。

我在作有机小分子陷在笼状无机晶体里的结构优化,用粉末衍射数据,要解决的问题是如何处理该有机小分子的热运动。比如,一个乙烷分子的甲基可以绕着碳碳键自由旋转,因此在X光下看到的H 原子不再表现为三个分别的电子,而是一个有三个电子那么大的scattering power的圆环。中子衍射情况类似,三个D表现为3P+3N的环。

所以我想在这里做一个带special form factor的scatterer。以X光衍射为例,好像有一个原子Q,位置在(0,0,0),带三个电子,平均分布在半径为大约1.01Xsin(70.5deg)anst的环上。

我现在的问题是怎样把这个special form factor写进Rietveld程序里。有哪位兄弟可以教教我GSAS里的A和B应该怎么设置,或者Fullprof里的7个参数都是什么意思呀?

无限感激。

家园 接上题

如果在GSAS里像 rho=A+BXi 这么简单的话,我应该把rho的坐标写在哪里呀?

手册里说可以写一个A和B的表格,难道表格的行与行的增量就和坐标有关吗?如果行距就是坐标的话,它是个固定值吗?还是另外有个地方让我输入?

哪位兄弟来教我呀?谢谢啦。

家园 见内

http://www.ccp14.ac.uk/tutorial/fullprof/ (FullProf user's guide 链接在内)

Google 所得, 不知有帮助否 (偶非砖家)

见内
家园 谢谢, 可是我好像还得接着问。

因为我的问题比手册里写的基础一些。手册是给专家看的,有些对专家们不言而喻的事情手册里没写。倒霉的是我周围现在一个这方面的专家都没有,所以才跑这里来问啦。

多谢你。

家园 想通了一点,可是问题更多了。

A+BXi自己就是坐标,我用它画个圆应该没问题了。可是用哪里的参数可以规定圆环应该有多胖呢?A+BXi原来就是用来规定球形原子电子密度随原子半径增大的衰减的吧?把A和B画圆用了,需要用另一个或者几个参数规定圆环断面的直径/形状。

请哪位兄弟手把手教教我把这个圆环画进程序里,GSAS,或者Fullprof,或者随便什么别的Rietveld程序,哪怕Fortran写的Code都好呀。谢谢啦。

家园 偶一点都不懂Rietveld. 能不能自己写个code来描述几何形状

(用几个循环), 将Rietveld嵌在这些循环内, 等于做体积分.

笨办法:

1. 假设对圆(一维流形)作积分, 那就是一维积分, d_theta[0->2 pi] ...

2. 对圆环(donut)的体积分, 是三维积分

用三个参数: theta, r, phi

(r, phi)描述每个断面内的积分;

theta = 0->2pi 扫过圆环的所有断面.

可行否?

家园 对,就是这个办法。

我想GSAS和Fullprof里有现成的模块就是干这个用的。我猜我找到的AB(GSAS)还有我没看懂的那7个参数(Fullprof)就是它。要是自己另写再往Rietveld里头联接的话工程量太大了,所以最好有改过Form Factor的兄弟直接教我。

衲子兄,谢谢你。

家园 我又想了下衲子兄的建议。

其实在整个Rietveld过程的操作中,有一步就是对晶胞中各个原子作几何形状的积分。在程序的缺省配置里,所有原子都被设置成向三维空间弥散的圆球。整个元素周期表都被写了进去,以向空间弥散的速度处理不同的圆子半径。然后,需要的话可以加一个参数(热运动)作修正。这一个参数也可以分成三维分别处理,这一来就连各向异性也给模拟了。

我要做的其实就是利用程序里原来的这个模块,在周期表的那一块里加一原子,需要的是对这个原子积分的时候,不要他向三维均匀扩散,而是积成一个环形。

GSAS和Fullprof的手册里都说可以这么做,但我还没找到具体操作的办法。

家园 这样呢?

"然后,需要的话可以加一个参数(热运动)作修正。这一个参数也可以分成三维分别处理,这一来就连各向异性也给模拟了。"

做一个dummy的双原子分子, 并给垂直于分子键方向的角动量自由度以热运动, 这样各向异性的blurring 就effectively产生了环形的形状. 可否?

如果成的话你一定要请客哦!

家园 天才
天才
家园 【欣赏】天才

衲子兄弟,请原谅我昨天没有上网,直到现在才看到你的建议。菜菜丛兄弟的感想就是我的感想,真是天才呀。

我做过一次类似的处理,也是甲基,我把它做成了绕它自己的中轴旋转的等腰三角锥,用一个参数优化它的旋转角度。对我现在的问题,我按你的建议对这个参数进行120deg积分就解决啦。

我现在在北德国谋生,兄弟们要是也在这一带活动的话,应该熟悉老友记,大明之类的场所。请给我个短信,咱们找时间碰头。

家园 施主谬赞了. Gern geschehen.

不过涅, 能被女生欣赏一下总是很受用滴, 偶芳心窃喜呀.

Ich bin leider nicht im Deutschland, sondern in den Vereinigten Staaten . 施主是不是想请偶撮一顿以示感谢啊? Ach,

上有青冥之长天,

下有?O水之波澜,

天长路远魂飞苦,

梦魂不到关山难, wie schade!

Stattdessen schreiben Sie bitte einen Artikel mit den Woertern "衲子神武英明, 运筹帷幄, 决胜万里, 真不世出之天才也!" an die 龙门客站版.

家园 真遗憾,衲子不在欧洲。

假如有机会到欧洲来,一定请来找我,我请你吃饭。

物理数学李白德语信手拈来,这要不是天才,还有什么是天才呀?

假如鸡蛋里可以挑骨头的话,给网上的朋友写德语不用Siezen的。

PS:大畜噬嗑不一定是女生。通常活动的大畜噬嗑是我,我是一条好汉。偶尔我太座用这个网名潜水献花。女生头像是这么来的。

全看树展主题 · 分页首页 上页
/ 1
下页 末页


有趣有益,互惠互利;开阔视野,博采众长。
虚拟的网络,真实的人。天南地北客,相逢皆朋友

Copyright © cchere 西西河