西西河

主题:寰球同此凉热 -- 本嘉明

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家园 再提供一些关于“插入片段”的信息

之前说了,这1300多个碱基对位于S蛋白的前半部分。17年的文章(PLoS Pathog. 2017 Nov 30;13(11):e1006698)比较了同一个洞穴蝙蝠身上采集到的多个类萨斯病毒(SARSr-CoV)的基因组序列,可以看到S蛋白的前半部分序列差异较大(即多条曲线彼此分离的部分):

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而这些S蛋白的氨基酸序列存在一定的相似性(加深的区域)

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所以这个“插入片段”属于基因组中容易变化的区域,在不同株系的病毒中差异较大。

通宝推:桥上,
家园 跟着一起八卦一下

先给本兄的钻研精神送花,八卦大家喜闻乐见啊

1) 文章与杂志

15年的这篇文章发在了 Nature Medicine,是《自然》(Nature)杂志下属子刊,不是Nature正刊,也是顶级的生物医学类杂志。不知道《英格兰浪人报》指的是否是《新英格兰医学杂志》(The New England Journal of Medicine, NEJM),如果是的话我就多说两句。NEJM是麻省总医院出版的老牌+顶级医学杂志(1812年创刊),和《柳叶刀》(The Lancet,1823年创刊)可并称医学杂志的泰山北斗,认可度非常高。相较之下,1995年创刊的Nature Medicine虽然水平也很高,也只能算是新贵了。而且这些杂志的侧重点有所不同,NEJM和Lancet是从医学的角度出发,侧重于临床,Nature Medicine偏于基础科研。个人觉得对于发表在这三本杂志上的研究,可以臧否具体一篇文章的优劣,还是不要褒贬刊物的高低为妥。

2) 文章分工

这篇文章显然是以北卡的工作为主,石提供了一些材料和实验结果。既然是RSB为主,且实验能够在北卡的P3完成,那没有必要把实验材料和人员搬到武汉的P4完成。这个分工取决于项目内容和实际操作的可行性,而不是实验室等级决定的。“SARS-CoV is a select agent” 那一节里是标准的描述格式。

而且不知道石参与的部分工作有没有使用P4,从文章分工的描述看石提供了蛋白的序列和质粒(ZLS provided SHC014 spike sequences and plasmids) , Ge做了pseudotyping (XG performed pseudotyping experiments),具体的还是等专业人士的解读吧。

至于带资进组,这个说法虽然有趣但有误导性。惯例地,发表文章的科研工作者需要表明自己受到的资助来源,因为能够完全花自己钱做科研的极少,下村脩那种在自家里搞的几乎再没有了。石和Ge注明的国家科学基金大概率是相关于其在武汉的工作。跨国使用科研基金多发生在会议交流或者购买仪器试剂,直接拿到别国用于实验科研非常少见。拿钱给北卡那边做实验是很复杂、很难,并且没有必要的事情,所以带资进组这个在影视圈里的常见表述用在科研领域不甚妥当。

3) 关于项目资助

NIH资助的大部分项目信息都是可以查到的,比如这篇文章里面RSB的资助项目之一U19AI107810,就是2013-2017五年的项目

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其后至今RSB还是有很多与冠状病毒改造相关的项目在进行中,比如

U19 AI100625 SYSTEMS IMMUNOGENETICS OF EMERGING CORONAVIRUS INFECTIONS IN THE COLLABORATIVE CROSS

R01 AI110700 MECHANISMS OF MERS-COV ENTRY, CROSS-SPECIES TRANSMISSION AND PATHOGENESIS

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说不上歇菜或者NIH不再支持类似的项目了。

通宝推:陈王奋起,青颍路,本嘉明,桥上,

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家园 再说几句

一,在一些业内人士看来,《nature》(当然也包括它的医学子刊)比《新英格兰医学杂志》(就是我说的《浪人报》,我是拿Journal那个单词开个玩笑),选稿上要严谨。我个人觉得,如果荞鸡-高这篇 “回顾性推断”科普文,能够投到Nature Medicine,肯定先投那里。当然这是我个人的看法。

二,现在我们在说两个独立的事件:一个是北卡州立大学在2015年发表的科研成果;一个是当前的武汉肺炎病毒。这两个事情在逻辑上有内在的连贯性,但仍然是各自独立的。

病毒一定要存活在宿主的细胞内,离开宿主的细胞,病毒就会死掉。北卡这个项目,打正的旗号就是模拟未来可能的新病毒威胁。项目组改变了某些冠状病毒上面和宿主细胞结合的蛋白质,让原本(只生存于野生动物比如蝙蝠体内)不能传染人的病毒变成可以传染人,即钻入人的体细胞内。这个“试图传染给人的过程”,自然界是一直发生的,但效率很低下,中韩/东南亚,吃蝙蝠吃了几百上千年了,也没有吃出毛病,就是因为那时蝙蝠体内的冠状病毒在烹饪中会死掉一些,还活着的“非法难民”就算进入人的消化系统,也不能钻进人体细胞,黑下来不走。现在在很多实验室自己搞这类项目,定点定向,打开这个开关那个开关,可以快速见效。嵌合型病毒在各大学的实验室不难见到,玩病毒的课题组实在太多了,北卡对这个新病毒的“发明”,主要是为了研究病毒与受体的相互作用,看这类病毒真的问世的话,在与人类接触后,它的变异路径。这些都是在严格控制的LAB环境里做的实验。假设在2015年把这个新嵌合病毒注射到人体内,确实能够感染人类细胞,并且免疫治疗和现有疫苗对它都沒效果。一般讲,这类嵌合病毒在人体内的致死性,在传播一开始会相当高,但是总体统计,很可能比野生型SARS病毒要低些。2015年这个实验,结果比较恐怖,是因为这个嵌合病毒比较适合“残害”大鼠,倒未必是杀人利器。

所以,对于石研究员来说,有几个非常大的诱惑。北卡的师傅们给她打开了一扇窗,让她看到,蝙蝠体内,几千年来聚集了一个“富矿”,供她和病毒所的同事(比如周鹏)自由开发,通过对各种野生冠状病毒的拆散组合,并人工变异到能进入人体细胞,观察病毒进入新环境后的反应,这些都会产生大量的研究成果。即便不考虑各种虚名职称等等,光是从观摩别人造一条“瓦良格”号,变成自己独力造一条“山东号”,并因此以“通讯作者”的姿态登上顶级刊物-----这就足以打动太多科技工作者的心了。其次,在参与北卡项目中,石肯定有了自己的想法,要用自己储备的其他野生病毒试试,而不是只围着SARS打转。这些在武汉所的项目,都是政府批准,政府出资的,并非科研人员的私自行为。这些项目本身没有问题,世界各生物技术大国,或多或少都在搞。问题在于管理上的周密性。

大家有空的话,看看这部韩国2013年的电影《流感》(Flu)吧。

外链出处

家园 石同武汉病毒所可能扮演了被人卖还帮数钱的角色

这也是国内学术圈的通病,一切唯洋人马首是瞻。

病毒研究和流行疾病数据这些敏感信息,根本就不该发到国外期刊上去。他们倒好,拱手让出,洋人说声好,立刻磕头如祘捣。

国内研究成果发英美顶刊还有个诀窍,不管有没有实质贡献,最好挂个洋人,而且得是通讯。否则可能都不能送审。

说中国人没有创新能力的是这些人,说中文不适合做科研的也是这些人。

家园 大学的密级不够

cia或军方做这些事更可能找国家实验室

家园 想多了

人家只是想刷顶刊,好回来评职称,申放腚”而已"

家园 同意

毕竟上了什么项目,都是国家的决定,国家的预算,不是一个人的野望。

家园 寰球同此凉热-4

废话不说了,提一个建议:野火春风斗古城

新冠病毒在武汉肆虐,交叉感染比较普遍,有各种社会性的因素(比如大量普通流感病人聚集到发热门诊,结果密集感染),但有一点我们要注意,就是武汉目前的大气候环境(户外气温,湿度,风速风向等等),很可能也是传播病毒(飞沫和气溶胶方式传播)的理想环境。

比如现在新加坡和印尼,态度比较放松,根本原因就是当地白天气温达到30°左右,有效抑制了病毒。

有一些大的因素,不可抗力,我们无法改变;但总要做点什么,做了,有多少效果另说,武汉市民忙起来,不但有了盼头,也没功夫胡思乱想了。有了一定的体力劳动,人的胃口好,吃得多睡得足,精神开朗,抵抗力也就上来了。

我要做的事情很简单:改变武汉市区,目前的大气环境,主要是改变气温和空气湿度。

人类历史上扑灭大瘟疫,比如欧洲的黑死病,其中一个动作,就是不停焚烧,第一是烧病死者的尸体,不再土葬;第二是焚烧病死者的衣服和遗物,并用酒精等方式对室内消毒。这种大规模的,在城市里各个角落焚烧杂物,无意中改变了市区的气温,改变了空气中粉尘颗粒的构成,甚至改变了风速,我认为这些因素,对于阻断病毒借由空气传播,从而扑灭瘟疫,其实也起了辅助作用。

我的方法是:征用武钢储存的耐火砖和无烟煤,利用武汉雄厚的工业制造能力,大批制造简易户外火炉(OUTSIDE MASONRY HEATER,or COAL FIRE),

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这种火炉用耐火砖砌出一个炉膛,用空的汽油桶充当散热管。

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20%的炉子是自走式,自带底盘和轮子,1吨卡车过来一拖就能走;80%是落地式,平板车驮一溜,沿大马路开,反正现在机动车限行,用不了那么多车道,把最左面那条快车道占了,每隔40米用吊车放一个炉子下来。每逢5个炉子就停一辆装满无烟煤煤块的运煤车。

生煤球炉也不是啥技术活,在市民中招募志愿者,5人一组,每组分配个帐篷,管5个炉子和一辆煤车。志愿者要保证炉子一直在烧,扒出煤灰集中堆放,等天一亮有车来收走。

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同时,在公园空旷处,在草地上犁出深沟,沟里砌上耐火砖,倒入煤块点燃。这样露天焚烧,容易释放粉尘,也受天候影响(比如下雨),但过火面积大,对空气加热的效果快而明显。

通过在武汉各公园,湿地,江边滩地燃烧露天火头,加上武汉城区内上万个户外火炉,可以明显提高市区的气温,并且改变空气的湿度和颗粒含量。这样很可能产生雾霾,但其实我认为一定程度的雾霾,对于阻断病毒骑在微直径水珠(飞沫和气溶胶)上横行无忌,可能是有作用的。同时,火点周围和上空,空气的温度明显高于摄氏56°,可以有效杀死此范围内的病毒。在火头处,氧气被大量消耗后,必须从周围吸取更多的冷空气,形成虹吸效应,可以把周围很大一块区域的空气中的病毒都吸过来烤死。

同时,全市没日没夜,一片红彤彤,数万市民(每天分4班)热火朝天,很多年轻人在守炉子的同时组个乐队,拉拉提琴,唱唱摇滚,打打鼓,现场没观众不要紧,上传到抖音------这么打发时间。

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这样一来,整个城市的风貌就改变了,不再是凄凄惨惨阴阴恻恻,变得开朗乐观了。病毒是小,是看不见,但我们还是能还击,能打你,能报仇,能出一口恶气。

接下来,这么些炉子,燃着也是燃着,就架一些大铁锅,煮三样东西:一,卤煮;二,肉骨茶;三,红糖姜茶。

同时,给全市留守居民,每人发一张“月票”,刷月票可以领现煮的“抗疫战斗餐”,自带容器。红糖姜茶消耗一个点,肉骨茶和卤煮,每份两个点。头50点是送的,以后自己充值。肉骨茶是新马人民的智慧结晶,对于祛除瘴气,发汗提神,增加营养,有相当的神效,武汉市民头几顿吃不惯这中药味,可能会嫌弃,但毕竟是免费送的,省得自家做饭了,为什么不试试?

家园 本家明这是要放飞自我吗?

本家明这是要放飞自我吗?

家园 另类心灵疗法

火神山下跳大神,死马当作活马医。

先把大家的心气儿扭转,活跃一下气氛嘛。哪怕是虚火,也好过整城近千万人,死气沉沉,没有人气。

我看现在没有别的招,就只能赌天气转暖会抑制病毒的活力。既然等不及,就人为烘暖嘛,能暖一点是一点,让大家觉得有解法了,有盼头了,打到全市27°就啥都解决了-----不就是全民大练钢铁的劲儿么,这还没号召各家拆家具拆门板多烧几个炉头呢。

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人民战争的汪洋火海

家园 澳大利亚放了场大的,最近又涝了
家园 改改风水嘛

武汉人民碍着谁了,得此厄运?可见当下风水不好,气场不合。

风水,无非是山林风火。山林,就是地貌,矿藏,江河走势,这个急切无法改变,耗力也太大。风,就是气温/节气/雨水,这个要来总要来,但急不得。能马上改变风水格局的,其实就是火,项羽火烧阿房,就是断秦国龙脉最最粗暴省力的做法。这是左道旁门,因为火不能持久,只能短暂改运。但既然开春了,天气渐渐回暖,短暂改运也够用了。

你不要以为我胡诌,如今官场里信这个的,多了去了。

家园 台湾得病四人组意大利游,然而意大利密切接触者却无一被感染

四名确诊游客意大利10日游行程公布 米兰入境罗马出境

四名台湾同胞在意大利旅游后返台,被确诊感染新型冠状病毒,意媒公布了其一家四口的意大利行程。

据报道,四名台湾同胞于1月22日由香港飞往米兰Malpensa机场入境意大利,之后又游览了威尼斯、佛罗伦萨、比萨、锡耶纳、罗马,最终从罗马菲乌米奇诺机场飞往香港。

由米兰Malpensa机场下飞机后,前往了威尼斯游览,期间他们游览了威尼斯圣马可广场,大运河等著名景点,并在威尼斯居住了2个晚上,经最新检测报告,威尼斯的旅店工作人员的新冠检测结果为阴性。随后,这一家四口又前往了佛罗伦萨,并在佛罗伦萨住了4天,期间又前往了比萨和锡耶纳游览。意大利卫生部门对其佛罗伦萨居住的旅店工作人员进行了检验,酒店员工的检测结果也为阴性。之后,这家人又前往了罗马游览了2天。

这一家四口没有前往中国大陆的旅行史。因此,四人应该是在由香港飞往意大利的航班上感染新型冠状病毒,于1月26日(之前媒体报道为1月25日)第一名家庭成员开始出现咳嗽等症状。

这家人在托斯卡纳逗留了至少四天,在1月26-29日他们入住佛罗伦萨市中心一处旅店,并从佛罗伦萨出发乘坐公共汽车前往锡耶纳并返回。之后又乘坐火车往返比萨,并在比萨逗留了一整天,这个家庭还参观了佛罗伦萨市中心的博物馆,逛了商店,并在当地餐厅就餐。

意大利卫生部已经对这个家庭所乘坐航班的前后左右2排乘客定为密切接触者,以及这家人在意大利境内所乘坐的火车上,车厢里的部分乘客也被列为密切接触者。意大利卫生部称,他们跟踪了所有密切接触者,目前没有发现感染者。

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