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主题:【原创】南乡子- 留美生物博后 -- 把酒酹青天

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家园 還是要辯證地來看

以新問題促方法革新也是常有的,

小的例子比如chromatin IP方法。這個方法還是基于一般生物化學原理。但是,如果沒有提出問題,這樣的方法組合也是沒有的。

尤其是數學/物理方法引入生物學研究。比如我們就是想要看到活細胞中蛋白的樣子,現有的方法的確沒辦法做到。這就要求我們在方法論的原理上有所突破,不能再局限于過去的X光衍射的方法看蛋白結構,熒光標記方法看空間位置了。因此才會在未來產生一個全新的技術突破(很想講出來,可惜現在還不能)。

我剛進入現在這個實驗室的時候,從老板到學生都懷疑我是否能對他們的研究有所貢獻。現在這個情況就好多了,因為我通過計算做出了幾個predictions分別得到實驗的驗證,而這種prediction是很難通過一般實驗生物學做出的。

我覺得成功的關鍵在于不斷與實驗者溝通,并且認真思考生物學問題的本質是什么,使方法不僅緊貼實際,同時還能夠深入生命現象的本質。也算是一個問題促進方法的例子吧。

當然,前提是我們要提出的問題是科學問題,而非哲學問題。

家园 实验跟模拟是两条路

MD只需要明确的蛋白结构和溶液环境就可以了,只是在结果的解释上,需要和实验技术参照,以确定其对原子水平细节的描述合理。

家园 河里的生物wsn们,有回国找工的吗?

给介绍下国内行情吧

家园 厉害啊。呵呵。花。
家园 其實我們說得是同一回事

只不過視點不同而已。

你是從計算生物學的觀點入手,我是從實驗驗證的角度入手。只不過,生物學界裡面,大多數時間是大家都是問題一堆,在等待方法而已。

而計算生物學的意義,在我看來,更在於對生物領域觀念上的轉變。

我覺得成功的關鍵在于不斷與實驗者溝通,并且認真思考生物學問題的本質是什么,使方法不僅緊貼實際,同時還能夠深入生命現象的本質。也算是一個問題促進方法的例子吧

當然,前提是我們要提出的問題是科學問題,而非哲學問題

我就是槓子頭,所以,還是只同意一半。

黨科學問題對於所有的領域都有意義的時候,就不再是單純的科學問題,而是哲學問題了。比如說,達爾文的進化論。而所有科學問題的終極目的,也是哲學層次上的。這也是為甚麼要給一個哲學博士學位,而不是科學博士學位。

家园 哈哈,哲學問題

是我們經常拿來取笑別人說的空話和大話。比如說,“老板又在討論哲學問題了”..

但我本人并不排斥真正的科學哲學問題。比如,我的一個“哲學問題”是,個體的衰老(aging)到底是種群進化中的適應結果,還是只是作為耗散系統的個體中熵持續增加所致的不可逆結果。

聽上去好像真的很哲學,但是在具體研究中帶著這個問題,就會有很多有意思的發現。

家园 謝謝:)
家园 活细胞里蛋白的样子

其实也已经可以看到了

最近nature发了两篇,在活细胞里的NMR结构解析:Nature 458, pages 37-38。

这个技术已经搞了有几年,在其他刊物上也有些综述啊什么的。

家园 多謝,

不過我說的還不是這個。是更先進一些的東西,關鍵詞:高時空分辨,原子位置信息,無標記,活體。

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