主题：【原创】【进化生物学】活化石的“高速进化” -- 尼伯龙根·蜗藤

1.线粒体的序列啊，这个问题有点复杂。因为线粒体的复制是靠自己的DNA复制酶，而不是用细胞复制所用的DNA复制酶。所以，线粒体的序列的分子突变率比细胞的要高几个数量级。我不知道其他的那些序列是不是也是线粒体序列。

2.十几年来的分子测序，的确是挑进化上功能相对重要，在不同的种类中非常保守的那些蛋白来进行的。但是近来随着全基因组测序的推进，开始尝试着用几M几十M的序列，进行比较，以此来推断分子突变率。我不知道这是不是你所说的那个。

3.我同意你关于进化树和测序的推断。因为一直以来，这些功能保守的蛋白被强大的进化压力限制住了改变的可能性。任何一个改变都意味着千百个其他的基因改变已经发生过了。

虽然绝大多数的对于发育重要的基因，都受到了强大的选择压力。但是处于不是最关键部位的那些基因，依然会改变的。而这些改变，却是性状改变的最主要的动力。

举例来说，头尾的决定，是依靠BMP信号的产生的浓度梯度。这个机制在节肢动物之前就已经确定了。甚至有可能在扁形动物，比如涡虫，出现的时候就已经决定了。因为眼点的存在，主要的功能性神经节，开始出现在身体前部。但是这个时候，头部还只是一个概念而已。

但是，真正的头部功能，要等到节肢动物才算是确定下来。口器的存在，只是我们标准意义上的一个替代。

真正的头部，要等到脊索动物才算是出现。但是首先出现的是上颌，下颌要等好长一段时间才会出现。

从最初的原始下颌，到目前存在的下颌。也经历了很多的变化才最终地定了下来。

举这个例子，是想说明一件事情。就是进化的突进中存在很多死胡同。但是这些死胡同，并不是凭空出现的，而是在最基本的主干上长出来的。而每一个枝节出现，都意味着修饰改变了原来的光秃秃的枝节。而这些枝节，因为一开始并没有什么重要的选择压力，（原来的枝节还在行使着呢），所以才能够逐渐改变，并且保留了下来。

这也是为什么所谓的进化大爆炸出现的原因。

好了，好像扯得太远了。就此打住。