主题:【讨论】有关homology的一些问题 -- 喜欢喝冰茶
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很久没翻课本了(小声说,影印的也不好看不是?)
最近对homology有点儿confusing,从序列上,一般来讲,homologous genes share similar sequences,这个没啥问题。但是,如果照进化角度上讲,或者说功能上讲,不同species功能相似的proteins算不算homologous。如果算,靠sequence有时候不太靠谱,只能靠实验来测?有什么别的办法?或者说,结构性质相似的protein们,算不算homologous?其实有些作用位点相似的proteins,虽然结构可能不太像,算不算homologous?
一方面是相似性,序列,功能,结构,等等。另一方面,这种相似性是从共同的祖先进化而来。所以如果只是功能或结构相似的protein,而没有共同的祖先,就算不上是homology, 只能算analogy.
进化树上到哪一层算是共同的祖先?感觉即使不是共同的祖先,就在动物模型的应用而言,homology和analogy的Union应该更有意义。
比如BLAST一下。相似序列意味着共同祖先,这个还是能接受的。Protein方面可能有些别的方法,不太清楚。但显然结构或功能上的分析要难得多。
复 还是序列分析
而且相似性或者说score这东西总是需要一个cutoff的。结构上的alignment估计也不是多靠谱儿。功能分析,这个要靠实验了。不知道wet方面有什么办法。