主题：巨大的拼图和密林里的登山者---我对生命科学的看法 -- 夸皮
说白了，生物学自古以来的发展哪个不是靠技术。其他科学领域的发展和突破，构成了生物学发展三大支柱中最主要的那一个。也保证了无数人的饭碗。
可不要轻视技术啊。
听学物理的说起来更悲观，宏观的微观的似乎都已经很清楚了。但是作为生命科学来说，实在是太复杂，很多时候就象你的标题所说，余地还是很大。
让人最感兴趣的是，还不单单是解决一个拼图的问题，更在于零零碎碎的东西拼好后的作为整体才有的功能。
呵呵，有时候我经常想，每个蚂蚁大概都知道自己在做什么事情，但是未必知道这个蚂蚁的群体的目的是什么。
这就是Emergence (涌升）发生的基础。Starlogo 就是基于这个Basic law 模拟的呀。
那年获诺贝尔的普雷斯顿的纳什，他提出了不同与亚当斯密的传统经济学观点。个体对集体利益贡献及其个体最优发展的最大化，才是真正发展的动力。所以蚂蚁们在单位为公家做事的同时，回家也要装修家居。
这句说得好“之所以说他是学科，是因为他并不是简单的技术的统称或迭加。分子生物学有其特定的思考方法和“游戏” 规则。”
可否说说分子生物学的特定规则？
这些文章又使我想起我当初选择理科的巨大冲动和热情。呵呵，也很无奈，没有继续读下来，看到你们现在读完博士和博士后的人，依然还是这样的惆怅和困惑，引以为同路。
现在选择文科，充满想象、情感，好象很有意思，但是研究和探索的心态是一样的。是研究人心灵的世界。好象是没有定理和公式可以推导的。
总是想着局部的一点或一个通路，忘了最终还是要回到整体功能上来。
另外，还有一个典型，就是总是考虑单因子的变化。
想起“工程数学第一定律”，无穷级数收敛，且收敛至第一项。 呵呵。
开个玩笑，不生气吧？
分子生物学是一种研究手段，而非研究目的。 而象你所说的，一些原先研究手段比较老化的学科，如动植物分类学，并不会消亡，引入了分子技术后，研究的还是动植物分类的问题。 进化等宏观生物学也是这样，引入了新的技术，并不会导致学科的衰亡。我感觉，夸兄有点把分子技术和原有的生物学科对立起来的味道。
我想我的意思，你没有明白。 我想说的，是做研究的时候，最终是要搞明白问题，而非采用什么手段。 技术，只是技术。如果，“分子生物学是应用所有这些具体分子技术手段来解决生物学问题的一门学科。”那么，电生理学，我们也可以开门学科了，就是“应用电生理各种技术来解决生物学问题的学科”，fMRI, PET成像 ，也可以开门学科，叫成像神经生物学，“用各种成像技术来解决生物学问题的一门学科。”。。。 还有很多做通道的，既用分子技术，也用电生理，还有做结构的，我们该将之称为什么呢？ 分子生物学？ 神经电生理学？还是大分子结构啊？
呵呵，在这个领域里十几年下来，各自的观点都已形成，不会因一人一事而改变的。
也是现代科学研究的典型思路，即研究一个系统时先将其分解成相对简单和独立的组成部分分别研究清楚，然后再研究各个部分如何形成一个整体。虽然存在一些学者可能见树不见林，但是真正的科学家是不会忘记研究的真正目的还在于整体，因为整体研究困难太大变数太多才先研究组分的，研究组分只是手段而已。
哈佛Ernst Mayr的几本生物哲学值得一读。
The Growth of Biological Thought，湖南科技出过中译本。
Toward a New Philosophy of Biology
This is Biology: the Science of the Living World
另外，K.伯尔纳的《实验医学研究导论》仍很有现实的指导意义，是关于方法论的著作。虽然出版于19世纪。
莫诺的《偶然性与必然性》也适合生物系学生读，不过这个的中译本不太好。
这已经被证明是一种非常成功的研究手段,我认为也完全适合生物学研究.The Growth of Biological Thought的中译本网上有的,是本好书,可惜我还没有时间完整地读下来.不过Mayr对科学的最重要成就就是为综合进化论所作的贡献.这本身就是一个还原论研究的很好例子,要是没有群体遗传学(Fisher,Haldane,Wright),动物学(Mayr),古生物学(Simpson),遗传学(Morgan,Dobzhansky)在各自领域的深入研究,综合又从何而来呢?
非常同意你的观点，也能明白你的意思，所以我最后说我是把自己给绕进去了。只是因为不喜欢“纯粹是技术” 那句话而已。你说的其实就是一句话，纠缠于名称是无意义的，学科或是技术，本质上来说都是语文而已，和生命科学无关吧。
我并没有读过很多关于生物学史方面的东西，哲学上也是了了，很多感受也是因为在这个领域里摸爬滚打了好些年渐次产生的，讲出来都是些大白话。对于局部和整体的关系，以前也思考一些，现在基本不会考虑了。其实自己正在做的就是小小一块，又不是要FUNDING写报告，不用上纲上线到要多少年内攻克某某的高度。
个人感受，关注于局部，分析局部，这就是分子生物学的特点。所以分子生物学能够很好的解决信号通路，代谢途径等方面的问题。但优点的背面就是缺点，正因为分析是在人为划分的一个小区域里进行的，所以对整体的把握自然就缺乏。
有帖子问分子生物学的“游戏” 规则，说起来其实非常简单。好比说我们发现一个现象，比如这朵花和其它同类的颜色不同，那么我们相信这个个体存在一些与其它同类不一样的地方(这也是遗传病为什么这么受重视的原因) 。然后就是找出这种变化的因子加以分析。接着再到正常个体中去过量或是抑制其表达加以验证。到此也就完成了一套分子生物学的分析，如果要深入就是继续研究其它分子对这个因子作用的调控。所以简言之，就是从现象到直接引发现象的分子基础，再到与此分子相关的其它分子，步步深入扩张。每一步结论都必需有不同方面的试验加以验证。好比说一个人吃了东西就长肉这个结论，必需有试验证明他多吃就长胖，少吃就饿瘦，否则就不能简单的下一个结论。最后的工作就是把所有的分子串成一副关系网。好比你发现了A跟B作用，他发现了B跟C的关系，那么ABC就可以用箭头联系起来：分子，箭头，分子，箭头……嗯，可以写进教科书去折磨那些本科DDMM了。
不过问题也就很有可能出在这里。拼图再光鲜漂亮，走进看，板块之间依然是有缝隙的。
谢谢尔兄推荐的书，我会找来看看的。西河高人太多，进得门来一直是仰着头东张西望的。
我本人不完全赞同还原-综合的方法，是因为以前
涉及到的一个问题，感觉和知觉的区别。
哲学名词不是很懂,就说说我对整体和部分关系的看法吧.我认为构成有机整体的各个部分既相对独立又有有机的联系.相对独立的特性有助我们把问题简化,使得各个部分的复杂性在我们可研究的范围之内.但是整体不是部分的简单累加,当上升到整体的层次,又会有区别于部分规律的新的规律出现.如果只研究整体,我们固然可以研究整体表现出的规律,但是知其然而不知其所以然.想使得这个黑匣子透明起来,就必须研究其组成部分的规律,因为整体的规律还是建立在各部分的规律之上的.呵呵,我已经把肚子里的货色都倒出来了.
尔雅兄对此又是怎么看的?
“整体不是部分的简单累加,当上升到整体的层次,又会有区别于部分规律的新的规律出现。”这句话本身就是整体论的观点。:)
机体论organicism/整体论holism 通常认为整体大于部分的总和，各个部分被有机地组合成一个整体时，会出现了新的性质或规律，而这些性质或规律不能单纯用其各组成成分的性质及其相互作用来解释。