主题：弄一个SARS家族的全家福来给大家看看来龙去脉 -- 陈王奋起
家园 弄一个SARS家族的全家福来给大家看看来龙去脉 
https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov?l=radial
或者来 一个矩形图：
你品，你仔细品
简单解释一下，右上蓝色的，是蝙蝠SARS病毒，右下黄色的，就是当年的SARS病毒。左下的是穿山甲SARS病毒，左边红色的是这次的新冠，国际组织正式命名为SARS-CoV-2。
在这个图中，可以清晰地看出云南的蝙蝠和马来的穿山甲和新冠病毒亲缘性更高。来自美国的3个病毒种型处于新冠家族的根部。
----------修改，增加 一个矩形图，再说点题外话------------
有人把我的帖子转到文学城，碰巧我看到了，结果一转眼就发现被删贴了。斗争的弦，有人绷得比我紧。
通宝推：我心安处是故乡,fuxd2002,柴门夜归,纳米小洞儿,桥上,踢细胞,梓童,朴石,尚儒,驿寄梅花,发了胖的罗密欧,心有戚戚,唐家山,家园 转载何新：老何偶感 若干回放与一缕反思 问题：几个中国公知如此急狂给米国洗地，是要掩盖下面这一系列故事吗？
不久以前新闻披露美国去年曾经发生了如下一个令人毛骨悚然的意外事件：
2019年8月间，美国最大的生化武器基地德特里克堡就被紧急关闭。基地内所有的研究项目全部停止，所有科研人员强制接受全方位检查，并且美国疾病控制和预防中心CDC撤销了德特里克堡中心对包括埃博拉、天花和炭疽等高致命性病毒研究的“特许研究”许可证。
这个突发事件让附近的美国居民感到十分紧张。因为美剧《血疫》，恰巧讲的就是1989年该基地病毒泄露的事件。
后来，华盛顿宣称美国最大的这个生化武器基地因为地下废水泄露严重污染了水源，所以不得不紧急关闭！但是同一时期，CNN报道当地出现多例不明肺炎。
不久以后的2019年10月18日，美国最大的医学中心约翰霍普金斯医学中心在纽约主办了一场名为“案件201”的抗冠状病毒预演，邀请15名各国政商医届的核心人物出席。
据说搞此预演的目的，是一旦发生新冠疫情在美国扩散事态，美国和其它国家应如何合作应对？有意思的事是，演习第三项科目是“如何应对阴谋论扩散”。
美国参加的官员中，赫然有CIA的副局长艾薇儿·海恩斯。所有人都知道，CIA办案，一向谍影重重，诡计多端！当时人们很容易忽略坐在艾薇儿身旁竟然有一位中国的卫健系统高级i公务人员G.F.。
举办这个演习，是因为华府高层，能够未卜先知，已经预感到美国和世界可能面临一场大冠状病毒流行瘟疫的威胁？所以需要未雨绸缪吗？
后来，据闻美国发生了历史上死人很多的大流感，多人死于肺炎。例如，据美媒报道称34岁的美橄榄球记者爱德华·阿绍夫，在2019年11月中旬感染神秘肺炎。发烧、疲劳和咳嗽，后来变成多灶性肺炎，使用4种抗生素治疗后失败，未挺过“炎症风暴”。于2019年12月24日去世。而他生前健壮如牛，感染病毒仅仅只有两周。他的症状与普通流感引致的细菌性肺炎不太一样，却很像像后来中国发生的新冠毒肺炎。
武汉军运会期间，有多名外国人发生不明原因的外部输入性肺炎。
后来一个月后，中国武汉发生了新冠状病毒肺炎的疫情。
美国对发生在中国的疫情极度警惕，反应非常果决快速。尤其是在武汉宣布封城后，美国立刻宣布从武汉撤侨，宣布拒绝中国公民以及到过武汉的所有外国人入境。一向声称对全世界承担领导责任的美利坚合众国，何以突然变得如此敏感而胆小？
更骇人的是，2月初共和党参议员汤姆·科顿（Tom Cotton）竟宣称新冠病毒是中国实验室泄露的生化武器，要求美国政府立刻封杀中国。随后，更疯狂的是，华尔街日报刊登大幅文章声称中国是“东亚病夫”！
很多公正的美国人为之侧目，这种种族歧视的言论侵犯人权让人不齿，更何况还是发自一个有影响的米国大媒体。
而在中国，在病毒来源完全没搞清的情况下，就已不断有公知在媒体散布言论，指责是由于中国人不良不卫生的饮食习惯，即由于中国人吃野味，吃蝙蝠，造成了这次大瘟疫的流行。
公知们的言论举动一反常态。不再主张学术讨论自由，不仅联名对质疑的舆论横加辱骂和打压，而且对任何质疑美国可能是毒源的说法，比美国人的反应还激烈，一律斥责为弱智和阴谋论。就连德高望重的抗疫老人钟老先生，只因为客观弱弱地说了一句“疫情虽然始发中国但毒源不一定是中国”，就立即遭受公知群的辱骂和攻讦。
然而2月28日世界卫生组织总干事谭德塞2在日内瓦宣布，目前病毒的源头尚未明确，要禁止污名化。他还表示，中国人为世界做出了巨大牺牲，世界应当感谢中国。
以上事件都是近日国际及国内媒体所披露或可以看到的事实。
如果有心人把这些事件的前因后果联系在一起观察，再回看疫情发生以来，吾国若干公知的种种表演，他们如此赤胆忠心地为米国漂白洗地，同时不遗余力硬是要把毒源污名化栽赃给中国，还公然鼓吹中国人应该对世界道歉——鄙人不禁发生一个弱弱的“阳谋性”疑问：公知们，你们何以这么恨中国？你们莫非是在执行“霍普金斯演习的项目3”，莫非是为掩盖大洋彼岸那边掩盖某种见不得人的真相么？？！
（2020-03-03）
按老何文章线索查了下，查到个
补充内容，建议看看最后的链接
记去年底纽约一场新型冠状病毒爆发演习
古明浩 2020-02-05 来源:乌有之乡
演习名称叫《项目201——一全球流行疾病演习》(Event 201—a global pandemic exercise：http://www.centerforhealthsecurity.org/event201/about)，时间是2019年10月18日，地点在纽约Pierre hotel，主办方是约翰霍普金斯健康安全中心、世界经济论坛、比尔与梅琳达盖兹基金会(Johns Hopkins Center for Health Security, World Economic Forum, Bill & Melinda Gates Foundation) ，参加者是来自商业、政府、公共健康领域的菁英，他们被要求针对一虚拟流行疾病的爆发作出政策回应，以减轻经济、社会层面的冲击。
据会议所提出的演习剧本，作祟的病源即为一种新型动物传人冠状病毒(a novel zoonotic coronavirus)，感染途径是从蝙蝠到猪再到人，最后有效人传人，终至严重的流行(transmitted from bats to pigs to people that eventually becomes efficiently transmissible from person to person, leading to a severe pandemic)。起先虽有些国家能控制病情，但病毒持续散播导入，最终没有国家能有效控制(Although at first some countries are able to control it, it continues to spread and be reintroduced, and eventually no country can maintain control.)。并称第一年不可能得到疫苗(There is no possibility of a vaccine being available in the first year.)，18个月后将有6500万人丧命(The scenario ends at the 18-month point, with 65 million deaths.)，病毒会持续肆虐到有效疫苗出现或八九成的地球人被感染过后(The pandemic will continue at some rate until there is an effective vaccine or until 80-90 % of the global population has been exposed. )。
中国疾病预防控制中心主任高福(George F. Gao)是15名演习参与者中唯一的黄面孔。http://www.centerforhealthsecurity.org/event201/players/gao.html
通宝推：桥上,家园 ZT最新研究：新冠病毒已演化出两个亚型 传播力毒力区别大 最新研究：新冠病毒已演化出两个亚型 传播力毒力区别大2020年03月04日 14:54
新型冠状病毒的起源和演变一直备受关注。有关新冠病毒是否来自华南海鲜市场，经由这里非法交易的野生动物再传播到人，以及该市场是否是疫情起源地等问题，一直存在争议。
3月3日，中国科学院主办的《国家科学评论》(National Science Review)发表题为《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》的论文，通过对迄今最大规模的新冠病毒全基因组分子进化分析，揭示了新冠病毒已经演化出L和S两个亚型，这两个亚型在地域分布以及人群中的比例相距甚远。而且根据新型冠状病毒的演变方式，作者推测这两种亚型的传播能力、致病严重程度或许存在较大区别。
L型病毒传播能力强 致病性高
北京大学生命科学学院生物信息中心陆剑研究员与中国科学院上海巴斯德研究所崔杰研究员是这篇论文的共同通讯作者。作者表示：“如果这一结论得到证实，将有可能指导我们更好地对新冠肺炎进行差异化的治疗和防控。”
研究分析的103个新冠病毒基因组数据全部来源于公共数据库。这些病毒样本的基因序列的收集时期最早是去年12月24日，最晚是今年2月5日。分析表明，这些病毒株一共存在149个突变位点，且多数突变在近期发生。
在这103个病毒株中，有101个属于两个亚型之一。具体而言，两个亚型的区别在于病毒RNA基因组的第28144位点，L型是T碱基(对应亮氨酸，Leu)，S型是C碱基(对应丝氨酸，Ser)。通过与其他冠状病毒比较，作者发现S型新冠病毒与蝙蝠来源的冠状病毒在进化树上更接近，从而得出S型相对更古老的结论。
但研究人员意外发现，相对古老的S型新冠病毒并没有因为在人群中传播的时间更长，而感染更多的人。基因组数据表明，感染S型的比例占30%，反倒是相对年轻的L型新冠病毒的感染比例占70%，而且每个L型病毒株比S型携带了相对更多的新生突变。
基于上述反常现象，作者推测：“L型病毒传播能力更强，或者在人体内复制更快，因此可能意味着其毒力也更大。”
作者还专门比较了1月7日前后S型和L型所占比例的变化，他们发现L型在病毒株中的比例下降，S型比例上升。作者由此推测：“这可能是因为L型病毒的患者更容易表现出症状，因而更容易受到人工干预，从而使L型新冠病毒受到的负选择压力更大，感染的人数由此变少。”
患者可同时感染L型和S型病毒
此外，从绝大多数患者提取的病毒株的第8782位和28144位点均只显示C碱基或T碱基，也就是说，只感染了L型或S型中的一个病毒亚型。然而，从曾经在确诊前、近期有过武汉旅行史的一位美国患者分离的病毒株，这两个位点均呈现了C和T的混合现象，也就是说，很有可能这位患者同时感染了L型和S型新冠病毒(但目前还无法排除新突变型的可能性)。
一位中科院从事生物信息分析方面研究工作的研究员告诉第一财经记者：“L型看起来是突变型，从这个亚型的两个突变密码子偏好性来看，更适合人，在湖北比较多；S型是野生型，感染能力似乎较弱，但在全球范围的分布更广。”但他同时表示，由于采用的基因测序技术不一致，也有可能导致得出的数据分析有偏差。
作者还特别指出，论文的一个重要推论，即病毒不同亚型与其致病性的关系，本可通过把基因组数据和病例结合起来分析，从而加强证据等级。但由于种种原因，研究者无法得到患者资料，也无法得到更多基因组数据。
此前，数个科研团队发现新冠病毒与蝙蝠携带的SARS相关冠状病毒相似，在基因组层面相似度高达96.2%。对此，上述论文的研究作者认为，尽管先前研究认为蝙蝠RaTG13和新冠病毒在全基因组核酸序列上只有4%的区别，但更有意义的比较方式是比较基因组上中性位点的差异。他们通过这一比较得出结论认为，新冠病毒与RaTG13的区别要比原来认识的大很多，遗传距离相当于人与黑猩猩区别的14倍。
此前，数个科研团队发现新冠病毒与蝙蝠携带的SARS相关冠状病毒相似，在基因组层面相似度高达96.2%。对此，上述论文的研究作者认为，尽管先前研究认为蝙蝠RaTG13和新冠病毒在全基因组核酸序列上只有4%的区别，但更有意义的比较方式是比较基因组上中性位点的差异。他们通过这一比较得出结论认为，新冠病毒与RaTG13的区别要比原来认识的大很多，遗传距离相当于人与黑猩猩区别的14倍。
家园 我提一个问题，这个楼下面的朋友们 能看懂陈王兄这个图的，你们都是生物或者是医学相关专业的吧？
我弄了两天没懂。
家园 同心圆代表基因序列的离散度，divergence 参考是距离某一个假设的起源基因序列，相同或者相近的divergence排在一个半径上。这个是数据库用软件自动生成的，不排除某一天增加了若干数据，大家发现距离某个基因的更加近，也就是根的变化，或者说增加了新的分枝。
一个个树枝代表基因的演进传承。一般来说，最靠近分叉的根部的，divergence越小，在本图，USA/TX1/2020的divergence是0.1826，更接近源头，后面的都是0.1827.0.1828等，亲缘关系远。
通宝推：纳米小洞儿,
家园 求解：图上同心圆 从圆心到周边的等距数字标识代表什么意思？
通宝推：纳米小洞儿,家园 是怎么看出病毒亲缘性的？ 能不能请您再多解释一下？没看懂这个图。
家园 和学生互相抄作业，老师如何比较出谁抄谁一样 把对抄对，把错抄错几率最大，把对抄错较小，把错抄对的几率最小。
通过数据分析，有重复错误的归为一类，再细分出下一代有共同错误的。
- 待认可未通过。偏要看