主题：巨大的拼图和密林里的登山者---我对生命科学的看法 -- 夸皮
家园 上面这贴是跟还是不懂的
家园 关于生命科学的讨论很有意思， 这些文章又使我想起我当初选择理科的巨大冲动和热情。呵呵，也很无奈，没有继续读下来，看到你们现在读完博士和博士后的人，依然还是这样的惆怅和困惑，引以为同路。
现在选择文科，充满想象、情感，好象很有意思，但是研究和探索的心态是一样的。是研究人心灵的世界。好象是没有定理和公式可以推导的。
家园 哈哈，老铁真是在悟道啊 每个蚂蚁大概都知道自己在做什么事情，但是未必知道这个蚂蚁的群体的目的是什么。这就是Emergence (涌升）发生的基础。Starlogo 就是基于这个Basic law 模拟的呀。
那年获诺贝尔的普雷斯顿的纳什，他提出了不同与亚当斯密的传统经济学观点。个体对集体利益贡献及其个体最优发展的最大化，才是真正发展的动力。所以蚂蚁们在单位为公家做事的同时，回家也要装修家居。
家园 深刻。 家园 我的一些感觉 - 复 我的一些感觉
家园 分子生物学，兼回尔雅兄 感谢尔兄的意见。不过不太同意你关于分子生物学的看法。
首先什么是分子生物学技术的问题。分子技术并不是一个具体的技术名称，我们可以具体到某一样技术，比如PCR，电泳技术等等，但这些都只是分子技术中的一种。可以说，分子生物学是应用所有这些具体技术手段来解决生物学问题的一门学科。之所以说他是学科，是因为他并不是简单的技术的统称或迭加。分子生物学有其特定的思考方法和“游戏” 规则。难点并不是掌握各种技术，而是根据目的选择哪种技术最好的问题。好比围棋落子，可以下的地方很多，但填哪个地方最好就很费脑子了。
翻开现在的生物教科书，个人的感觉几乎所有的代谢途径及其很多结论性描述无不来源于近二三十年分子生物学的成果。所谓现代生命科学发展很大程度上是因为引入了先进的分子生物学手段和思维方式。技术加上思想，两者共同构筑了分子生物学。与之相对，一些建筑于老旧技术，关键是陈旧思维方式上的学科，比如动植物分类学，形态学等等；因为存在过多的人为主观因素，其萎缩甚至消亡都是不可避免的。另一些学科，比如形态解剖，其上升空间有限。说白了，都研究了几十年了，该知道的差不多都知道了；也难以有大的发展。当然，不能没有人懂。
嗨，说了半天都把自己绕进去了。如果你是此道中人，自然明白我的意思。关键就是那句“分子纯粹是技术” 的话，特别是纯粹二字。分子技术引入到生物领域所产生的效果照我看，就是把生物学变得不象传统意义的生物学了。人们再也不用通过比较两种花有多么相似来描述两种植物的亲缘关系。生物终于变得有些象物理和数学一样严谨而有逻辑性。好不容易开始有点儿象基础学科了。
本帖一共被 1 帖 引用 (帖内工具实现)家园 也许应该这么说 分子生物学是一种研究手段，而非研究目的。 而象你所说的，一些原先研究手段比较老化的学科，如动植物分类学，并不会消亡，引入了分子技术后，研究的还是动植物分类的问题。 进化等宏观生物学也是这样，引入了新的技术，并不会导致学科的衰亡。我感觉，夸兄有点把分子技术和原有的生物学科对立起来的味道。
我想我的意思，你没有明白。 我想说的，是做研究的时候，最终是要搞明白问题，而非采用什么手段。 技术，只是技术。如果，“分子生物学是应用所有这些具体分子技术手段来解决生物学问题的一门学科。”那么，电生理学，我们也可以开门学科了，就是“应用电生理各种技术来解决生物学问题的学科”，fMRI, PET成像 ，也可以开门学科，叫成像神经生物学，“用各种成像技术来解决生物学问题的一门学科。”。。。 还有很多做通道的，既用分子技术，也用电生理，还有做结构的，我们该将之称为什么呢？ 分子生物学？ 神经电生理学？还是大分子结构啊？
呵呵，在这个领域里十几年下来，各自的观点都已形成，不会因一人一事而改变的。
- 复 也许应该这么说
家园 同意尔雅兄的观点，也粗谈分子生物的研究方式 非常同意你的观点，也能明白你的意思，所以我最后说我是把自己给绕进去了。只是因为不喜欢“纯粹是技术” 那句话而已。你说的其实就是一句话，纠缠于名称是无意义的，学科或是技术，本质上来说都是语文而已，和生命科学无关吧。
我并没有读过很多关于生物学史方面的东西，哲学上也是了了，很多感受也是因为在这个领域里摸爬滚打了好些年渐次产生的，讲出来都是些大白话。对于局部和整体的关系，以前也思考一些，现在基本不会考虑了。其实自己正在做的就是小小一块，又不是要FUNDING写报告，不用上纲上线到要多少年内攻克某某的高度。
个人感受，关注于局部，分析局部，这就是分子生物学的特点。所以分子生物学能够很好的解决信号通路，代谢途径等方面的问题。但优点的背面就是缺点，正因为分析是在人为划分的一个小区域里进行的，所以对整体的把握自然就缺乏。
有帖子问分子生物学的“游戏” 规则，说起来其实非常简单。好比说我们发现一个现象，比如这朵花和其它同类的颜色不同，那么我们相信这个个体存在一些与其它同类不一样的地方(这也是遗传病为什么这么受重视的原因) 。然后就是找出这种变化的因子加以分析。接着再到正常个体中去过量或是抑制其表达加以验证。到此也就完成了一套分子生物学的分析，如果要深入就是继续研究其它分子对这个因子作用的调控。所以简言之，就是从现象到直接引发现象的分子基础，再到与此分子相关的其它分子，步步深入扩张。每一步结论都必需有不同方面的试验加以验证。好比说一个人吃了东西就长肉这个结论，必需有试验证明他多吃就长胖，少吃就饿瘦，否则就不能简单的下一个结论。最后的工作就是把所有的分子串成一副关系网。好比你发现了A跟B作用，他发现了B跟C的关系，那么ABC就可以用箭头联系起来：分子，箭头，分子，箭头……嗯，可以写进教科书去折磨那些本科DDMM了。
不过问题也就很有可能出在这里。拼图再光鲜漂亮，走进看，板块之间依然是有缝隙的。
谢谢尔兄推荐的书，我会找来看看的。西河高人太多，进得门来一直是仰着头东张西望的。
家园 不敢 大家都在填坑而已。另外那些书不看也罢，我在最初的感想里说过，生物学史和生物哲学的书，对日常的工作帮助并不大。 :)
分子生物学“规则"的问题， 我的理解其实就是中心法则+逆转录（或修正后的中心法则）。绝大部分的工作，理论基础都是这个吧。
另外，生物性状全由基因决定吗？:)
- 复 不敢
家园 性状不一定全由基因决定吧。举个怪异例子 在一部分小鼠(如129/sv） 大脑中胼胝体corpus callosu会随机地消失。消失的比例相当高，有10%以上。这种inbred的老鼠基因情况相当稳定和易查。可至今仍然不知道为什么。
如果说是基因突变，修饰过程出差错的话，几率也太高了。
还有好像龟类的幼仔性别是由孵化温度决定的。基因只是一个等待按下的按钮。
家园 这要看你如何定义基因 现在流行的观点是，所有与性状相关的序列都归到基因里面去。那么一个基因就不仅仅是个外显子，还包括内含子，5‘，3’不翻译序列，上下游几十到几千kb的调控序列都算了进去。再加上识别特定重复序列调控因子的发现，把几乎所有的卫星DNA都放进了基因里。另外那些重复序列归到转座子和逆转录病毒的古老遗迹里面之后，95%的DNA序列都是基因。换句话说，整个染色体全是基因。那么，什么不是由基因控制的？
蜜饯的例子举的不恰当了，既然小鼠的特殊结构只在特定的遗传背景下消失，就不能排除有基因控制的可能性。毕竟30000个已知蛋白序列中，我们只知道30%的近似功能。
当然，如果你坚持一条多肽，一个基因的观点。那么，你就是对的。
家园 ,赫赫，我没说清楚 如果你把基因定义为携带遗传信息的全体（包括那么多未知意义片断等等）。
那么结果自然不言而明了。
这变成了自证了。
家园 好帖，这个是不是该加精啊！ 这句说得好“之所以说他是学科，是因为他并不是简单的技术的统称或迭加。分子生物学有其特定的思考方法和“游戏” 规则。”
可否说说分子生物学的特定规则？
家园 此句精妙 难点并不是掌握各种技术，而是根据目的选择哪种技术最好的问题。说白了，生物学自古以来的发展哪个不是靠技术。其他科学领域的发展和突破，构成了生物学发展三大支柱中最主要的那一个。也保证了无数人的饭碗。
可不要轻视技术啊。
家园 我很喜欢解剖学，因为 这个知识很难outdate.
而且真的很好玩的。